SAXSdb — 6xc0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

Escherichia virus T4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 174–342	未记录	Protein spackle × 1 （P39230） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.198
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 174–342	未记录	Protein spackle × 1 （P39230） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XC0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1K28 The Structure of the Bacteriophage T4 Cell-Puncturing Device 提交 2001-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；279 K；PEG 8000, Tris, Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
1PDL Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate 提交 2003-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）链 B 1–575（575 aa）链 C 1–575（575 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 water；pH 7；water cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ethane vitrification	分辨率 12.00 Å
1WTH Crystal structure of gp5-S351L mutant and gp27 complex 提交 2004-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–575（575 aa）	突变：S351L	K POTASSIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；279 K；PEG 8000, Tris, Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
2Z6B Crystal Structure Analysis of (gp27-gp5)3 conjugated with Fe(III) protoporphyrin 提交 2007-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–575（575 aa）	突变：N7C, S351L	NEN 1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；285 K；PEG 8000, Tris, Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.11 Å R-free 0.315
3A1M A fusion protein of a beta helix region of gene product 5 and the foldon region of bacteriophage T4 提交 2009-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 490–575（86 aa）链 B 490–575（86 aa）链 C 490–575（86 aa）链 D 490–575（86 aa）链 E 490–575（86 aa）链 F 490–575（86 aa）	突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L	K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
4JIV VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 B 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 C 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575	突变：T566H, D568V, R571A, D573N, I574L, G575N 突变：T566H, D568V, R571A, D573N, I574L, G575N 突变：T566H, D568V, R571A, D573N, I574L, G575N	MG MAGNESIUM ION × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-15% PEG 2000, 100mM NaAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
4JIW c1882 PAAR-repeat protein from Escherichia coli in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 B 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 C 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575	突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100-150mM CaCl2, 13-15% PEG 3350, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.243
4JIW c1882 PAAR-repeat protein from Escherichia coli in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 F 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 G 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575	突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100-150mM CaCl2, 13-15% PEG 3350, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.243
4JIW c1882 PAAR-repeat protein from Escherichia coli in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 J 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 K 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575	突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100-150mM CaCl2, 13-15% PEG 3350, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.243
4JIW c1882 PAAR-repeat protein from Escherichia coli in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 N 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 链 O 484–575（92 aa）片段：gp5G484, UNP RESIDUES 484-575	突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N 突变：T566D, D568K, S570A, R571K, D573N, I574L, G575N	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100-150mM CaCl2, 13-15% PEG 3350, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.243
4JJ2 High resolution structure of a C-terminal fragment of the T4 phage gp5 beta-helix 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 483–575（93 aa）片段：UNP residues 483-575 链 B 483–575（93 aa）片段：UNP residues 483-575 链 C 483–575（93 aa）片段：UNP residues 483-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ELA Elaidic acid × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 STE STEARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.03-0.05M CaCl2, 0.1M NaAc pH 5.2, 11-15% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.28 Å R-free 0.178
4KU0 Enterobacteria phage T4 gp5.4 PAAR repeat protein in complex with T4 gp5 beta-helix fragment 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–575（92 aa）片段：residues 484-575 链 B 484–575（92 aa）片段：residues 484-575 链 C 484–575（92 aa）片段：residues 484-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ELA Elaidic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 STE STEARIC ACID × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；23-25% PEG 3350, 100mM Tris pH=8.5, 40-100mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.15 Å R-free 0.171
4OSD Dimer of a C-terminal fragment of phage T4 gp5 beta-helix 提交 2014-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 B 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 C 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 D 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 E 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 F 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575	未记录	ELA Elaidic acid × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 STE STEARIC ACID × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22% PEG 4000, 200mM Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.96 Å R-free 0.279
4OSD Dimer of a C-terminal fragment of phage T4 gp5 beta-helix 提交 2014-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 H 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 I 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 J 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 K 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 L 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575	未记录	ELA Elaidic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 STE STEARIC ACID × 2 PLM PALMITIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22% PEG 4000, 200mM Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.96 Å R-free 0.279
4OSD Dimer of a C-terminal fragment of phage T4 gp5 beta-helix 提交 2014-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 N 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 O 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 P 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 Q 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 链 R 484–575（92 aa）片段：C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575	未记录	ELA Elaidic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 STE STEARIC ACID × 2 PLM PALMITIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22% PEG 4000, 200mM Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.96 Å R-free 0.279
5IV5 Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex 提交 2016-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 145 PDB 声明：145-meric	链 YA 1–575（575 aa）链 YB 1–575（575 aa）链 YC 1–575（575 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 FE FE (III) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Applied 3.5 ul of sample and blotting 3 seconds before plunging	分辨率 4.11 Å
6P1Z Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with the C-terminal part of the T4 gp5 beta-helical domain 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–575（92 aa）链 B 484–575（92 aa）链 C 484–575（92 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；47.5-50 % PEG5500 MME 100 mM Glycine pH 10 25-100 mM KBr	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
6P1Z Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with the C-terminal part of the T4 gp5 beta-helical domain 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 484–575（92 aa）链 F 484–575（92 aa）链 G 484–575（92 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；47.5-50 % PEG5500 MME 100 mM Glycine pH 10 25-100 mM KBr	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
6P20 Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic the phiKZ central spike gp164 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–559（76 aa）链 B 484–559（76 aa）链 C 484–559（76 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20-30% PEG 3350 100 mM MES ph 6.5 200-350 mM Mg(NO3)2	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
6P22 Photorhabdus Virulence Cassette (PVC) PAAR repeat protein Pvc10 in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic Pvc8, the central spike protein of PVC 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 484–565（82 aa）链 B 484–565（82 aa）链 C 484–565（82 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；MPD 28-34% PEG 2000 8-18% 100 mM Imidazole pH 8.0	分辨率 2.29 Å R-free 0.222
6P2A Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment 提交 2019-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 484–559（76 aa）链 B 484–559（76 aa）链 C 484–559（76 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350 18-20% 100 mM Ammonium citrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
6P2A Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment 提交 2019-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 484–559（76 aa）链 E 484–559（76 aa）链 F 484–559（76 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 1 STE STEARIC ACID × 1 ELA Elaidic acid × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350 18-20% 100 mM Ammonium citrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
6XC1 Crystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in orthorhombic form 提交 2020-06-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 174–342（169 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.92 Å R-free 0.215
7CN7 T4 phage spackle protein gp61.3 complex with lysozyme domain of gp5 tail lysozyme 提交 2020-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 162–342（181 aa）	未记录	1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；PEG550MME, MES, KSCN	分辨率 1.15 Å R-free 0.121

共 17 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BP5_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 174–342 作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 174–342

Protein spackle

Escherichia virus T4

UniProt P39230

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–97	未记录	Lysozyme × 1 （P16009） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.198
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–97	未记录	Lysozyme × 1 （P16009） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XC0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6X6O Crystal structure of T4 protein Spackle as determined by native SAD phasing 提交 2020-05-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–97（97 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.05 M sodium acetate buffer, pH 4.5, and 4 % (v/v) glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.191
6X6O Crystal structure of T4 protein Spackle as determined by native SAD phasing 提交 2020-05-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–97（97 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.05 M sodium acetate buffer, pH 4.5, and 4 % (v/v) glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.191
6XC1 Crystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in orthorhombic form 提交 2020-06-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–97（97 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.92 Å R-free 0.215
7CN6 T4 phage spackle protein gp61.3 提交 2020-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–97（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293.15 K；PEG4000, glycine, calcium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.228
7CN6 T4 phage spackle protein gp61.3 提交 2020-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–97（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293.15 K；PEG4000, glycine, calcium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.228
7CN6 T4 phage spackle protein gp61.3 提交 2020-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–97（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293.15 K；PEG4000, glycine, calcium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.228
7CN7 T4 phage spackle protein gp61.3 complex with lysozyme domain of gp5 tail lysozyme 提交 2020-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–97（75 aa）	未记录	1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；PEG550MME, MES, KSCN	分辨率 1.15 Å R-free 0.121

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAC_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xc0
沉积日期 deposition_date	2020-06-07
结构标题 title	Crystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in monoclinic form
关键词 keywords	lysozyme, spackle, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.27 Å
零角强度 I(0) i0	55140600.00
分子量 molecular_weight	56188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69695 Å³
包络体积 envelope_volume	84420 Å³
水化壳体积 shell_volume	27484 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.82 Å
包络 Rg envelope_rg	26.13 Å
形状 Rg shape_rg	26.26 Å
总 Rg total_rg	26.99 Å
总原子数 total_atoms	3913
残基数 n_residues	485
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8762
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.949

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme
分子量 formula_weight	20131.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4479

MSMAEMLRRDEGLRLKVYWDTEGYPTIGIGHLIMKQPVRDMAQINKVLSKQVGREITGNPGSITMEEATTLFERDLADMQRDIKSHSKVGPVWQAVNRSRQMALENMAFQMGVGGVAKFNTMLTAMLAGDWEKAYKAGRDSLWYQQTKGRASRVTMIILTGNLESYGVELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia virus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein spackle
分子量 formula_weight	12075.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MKKFIFATIFALASCAAQPAMAGYDKDLCEWSMTADQTEVETQIEADIMNIVKRDRPEMKAEVQKQLKSGGVMQYNYVLYCDKNFNNKNIIAEVVGELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia virus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	497

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6xc0a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6xc0b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6xc0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6xc0B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.310 Å
晶胞边长 b length_b	127.597 Å
晶胞边长 c length_c	46.088 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	63.800 Å
R 因子 r_factor	0.1581
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.1983

fit	/app/data/saxs_computation/xc/6xc0/6xc0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xc/6xc0/6xc0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xc/6xc0/6xc0.dat

Crystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in monoclinic form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein spackle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)