6y2t

Streptavidin wildtype with a biotC4-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptavidin

Streptomyces avidinii

UniProt P22629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 39–183 未记录 O6T biotC4-1 cofactor × 8 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;293 K;2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4 分辨率 1.55 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 312 个其他 PDB 条目、368 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAV_STRAV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 15–159; UniProt 39–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y2t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y2t
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y2t
沉积日期 deposition_date2020-02-17
结构标题 titleStreptavidin wildtype with a biotC4-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase
关键词 keywordsArtificial Metalloenzyme, Iron Hydroxylase, Biotin-Binding Protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.62
零角强度 I(0) i04348280.00
分子量 molecular_weight14273.0 kDa
排除体积 excluded_volume17512 ų
包络体积 envelope_volume20808 ų
水化壳体积 shell_volume11854 ų
包络直径 envelope_diameter54.0
壳层 Rg shell_rg20.57
包络 Rg envelope_rg16.19
形状 Rg shape_rg15.56
总 Rg total_rg16.71
总原子数 total_atoms1863
残基数 n_residues121
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.2
Rg (实空间) rg_real16.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real4.3480e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4348000.0000
解质量估计 total_estimate0.8895
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.4800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha674900.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)