6zha

Cryo-EM structure of DNA-PK monomer

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 223.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-PKcs ;

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–4128	未记录	X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） DNA × 1 DNA × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZHA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2575（2574 aa）链 A 2774–4127（1354 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000	分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–2575（2574 aa）链 B 2774–4127（1354 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000	分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5W1R Cryo-EM structure of DNAPKcs 提交 2017-06-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 10–4128（4119 aa）片段：UNP residues 10-4128	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
6ZFP Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 2) 提交 2020-06-17	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
6ZH2 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 1) 提交 2020-06-20	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
6ZH4 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 3) 提交 2020-06-20	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
6ZH8 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:DNA 提交 2020-06-21	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 1–4128（4128 aa）链 F 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.24 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7K10 CryoEM structure of activated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7K11 CryoEM structure of inactivated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
7K19 CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex I) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7K1B CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex II) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–4128（4128 aa）链 L 1–4128（4128 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–4128（4128 aa）链 F 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
7OTM Cryo-EM structure of DNA-PKcs in complex with NU7441 提交 2021-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	2R4 8-(dibenzo[b,d]thiophen-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-chromen-4-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
7OTP DNA-PKcs in complex with ATPgammaS-Mg 提交 2021-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7OTV DNA-PKcs in complex with wortmannin 提交 2021-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	KWT (1S,6BR,9AS,11R,11BR)-9A,11B-DIMETHYL-1-[(METHYLOXY)METHYL]-3,6,9-TRIOXO-1,6,6B,7,8,9,9A,10,11,11B-DECAHYDRO-3H-FURO[4, 3,2-DE]INDENO[4,5-H][2]BENZOPYRAN-11-YL ACETATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
7OTW DNA-PKcs in complex with AZD7648 提交 2021-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	MBW 7-methyl-2-[(7-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl)amino]-9-(oxan-4-yl)purin-8-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
7OTY DNA-PKcs in complex with M3814 提交 2021-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–4128（4128 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4128（4128 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7TYR Cryo-EM structure of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex (see COMPND 13/14) 提交 2022-02-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunge-freeze was performed using a home-made manual plunger at typical indoor humidity (Los Angeles, CA) and at room temperature.	分辨率 3.33 Å
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–4128（4128 aa）链 S 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–4128（4128 aa）链 F 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–4128（4128 aa）链 S 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric	链 A 1–4128（4128 aa）链 F 1–4128（4128 aa）链 S 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.76 Å
8EZ9 Dimeric complex of DNA-PKcs 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–4128（4128 aa）链 L 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.67 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 C 1–4128（4128 aa）链 L 1–4128（4128 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–4128（4128 aa）链 L 1–4128（4128 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 S 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 O 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 O 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric	链 O 1–4128（4128 aa）链 o 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric	链 O 1–4128（4128 aa）链 o 1–4128（4128 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRKDC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–4128； UniProt 1–4128

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

UniProt P12956

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–609	未记录	;DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-PKcs ; × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） DNA × 1 DNA × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6ZHA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–608（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–608（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
3RZX Mouse importin alpha-Ku70 NLS peptide complex 提交 2011-05-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 537–558（22 aa）片段：Nuclear localization signal	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.223
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 34–534（501 aa）片段：UNP residues 34-534	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–544（544 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–544（544 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 E 1–544（544 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–544（544 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–544（544 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 1–544（544 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–544（544 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–544（544 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–609（609 aa）链 G 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric	链 A 1–600（600 aa）链 J 1–600（600 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–609（609 aa）链 J 1–609（609 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–609（609 aa）链 G 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol	分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–544（544 aa）链 E 1–544（544 aa）链 K 1–544（544 aa）链 O 1–544（544 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–609（609 aa）链 T 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 a 1–609（609 aa）链 h 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–609（609 aa）链 T 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric	链 B 1–609（609 aa）链 G 1–609（609 aa）链 T 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 A 1–609（609 aa）链 J 1–609（609 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–609（609 aa）链 J 1–609（609 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 E 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 T 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–609（609 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 37–529（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 K 34–534（501 aa）链 M 34–534（501 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–609（609 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–609（609 aa）链 a 1–609（609 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 K 1–609（609 aa）链 M 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 K 1–609（609 aa）链 M 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 K 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 K 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric	链 K 1–609（609 aa）链 M 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric	链 K 1–609（609 aa）链 M 1–609（609 aa）链 k 1–609（609 aa）链 m 1–609（609 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å

共 57 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	XRCC6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–609； UniProt 1–609

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–732	未记录	;DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-PKcs ; × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6ZHA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 0–564（565 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 0–564（565 aa）片段：residues 1-565	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1Q2Z The 3D solution structure of the C-terminal region of Ku86 提交 2003-07-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 591–708（118 aa）片段：Ku86CTR (591-709)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-13C,15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3; 5% n-octyl-penta(ethylene glycol):octanol 0.96:1 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1RW2 Three-dimensional structure of Ku80 CTD 提交 2003-12-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 565–709（145 aa）片段：Ku80 C-terminal Domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM phosphate buffer；压力 1 NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT \| 100% D2O NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, an \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3RZ9 Mouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex 提交 2011-05-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 559–571（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.218
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 6–541（536 aa）片段：UNP residues 6-541	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 2–555（554 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 2–555（554 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 2–555（554 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 2–555（554 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate	分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 2–555（554 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 E 2–555（554 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 2–555（554 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 2–555（554 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 541–732（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–732（732 aa）链 H 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 541–732（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000	分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 541–732（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000	分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric	链 B 1–732（732 aa）链 K 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–732（732 aa）链 K 1–732（732 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 C 1–732（732 aa）链 H 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol	分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric	链 B 2–555（554 aa）链 F 2–555（554 aa）链 L 2–555（554 aa）链 P 2–555（554 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 C 1–732（732 aa）链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 b 1–732（732 aa）链 j 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–732（732 aa）链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric	链 C 1–732（732 aa）链 H 1–732（732 aa）链 U 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 B 1–732（732 aa）链 K 1–732（732 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–732（732 aa）链 K 1–732（732 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 F 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–732（732 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 5–536（532 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 L 6–545（540 aa）链 N 6–545（540 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–732（732 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–732（732 aa）链 b 1–732（732 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 L 1–732（732 aa）链 N 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 L 1–732（732 aa）链 N 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 L 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric	链 L 1–732（732 aa）链 N 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric	链 L 1–732（732 aa）链 N 1–732（732 aa）链 l 1–732（732 aa）链 n 1–732（732 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å

共 62 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–732； UniProt 1–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zha
沉积日期 deposition_date	2020-06-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of DNA-PK monomer
关键词 keywords	Kinase, DNA-PKcs, NHEJ, DNA-repair, DNA-PK, DNA BINDING PROTEIN, Ku70/80; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.01 Å
零角强度 I(0) i0	4074450000.00
分子量 molecular_weight	545270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	685030 Å³
包络体积 envelope_volume	1048300 Å³
水化壳体积 shell_volume	136510 Å³
包络直径 envelope_diameter	221.7 Å
壳层 Rg shell_rg	66.30 Å
包络 Rg envelope_rg	61.49 Å
形状 Rg shape_rg	64.02 Å
总 Rg total_rg	64.02 Å
总原子数 total_atoms	38289
残基数 n_residues	4784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.4 Å
Rg (实空间) rg_real	64.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4075000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8688
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.404
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	289000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.782

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-PKcs ;
分子量 formula_weight	472056.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	38289

MAGSGAGVRCSLLRLQETLSAADRCGAALAGHQLIRGLGQECVLSSSPAVLALQTSLVFSRDFGLLVFVRKSLNSIEFRECREEILKFLCIFLEKMGQKIAPYSVEIKNTCTSVYTKDRAAKCKIPALDLLIKLLQTFRSSRLMDEFKIGELFSKFYGELALKKKIPDTVLEKVYELLGLLGEVHPSEMINNAENLFRAFLGELKTQMTSAVREPKLPVLAGCLKGLSSLLCNFTKSMEEDPQTSREIFNFVLKAIRPQIDLKRYAVPSAGLRLFALHASQFSTCLLDNYVSLFEVLLKWCAHTNVELKKAALSALESFLKQVSNMVAKNAEMHKNKLQYFMEQFYGIIRNVDSNNKELSIAIRGYGLFAGPCKVINAKDVDFMYVELIQRCKQMFLTQTDTGDDRVYQMPSFLQSVASVLLYLDTVPEVYTPVLEHLVVMQIDSFPQYSPKMQLVCCRAIVKVFLALAAKGPVLRNCISTVVHQGLIRICSKPVVLPKGPESESEDHRASGEVRTGKWKVPTYKDYVDLFRHLLSSDQMMDSILADEAFFSVNSSSESLNHLLYDEFVKSVLKIVEKLDLTLEIQTVGEQENGDEAPGVWMIPTSDPAANLHPAKPKDFSAFINLVEFCREILPEKQAEFFEPWVYSFSYELILQSTRLPLISGFYKLLSITVRNAKKIKYFEGVSPKSLKHSPEDPEKYSCFALFVKFGKEVAVKMKQYKDELLASCLTFLLSLPHNIIELDVRAYVPALQMAFKLGLSYTPLAEVGLNALEEWSIYIDRHVMQPYYKDILPCLDGYLKTSALSDETKNNWEVSALSRAAQKGFNKVVLKHLKKTKNLSSNEAISLEEIRIRVVQMLGSLGGQINKNLLTVTSSDEMMKSYVAWDREKRLSFAVPFREMKPVIFLDVFLPRVTELALTASDRQTKVAACELLHSMVMFMLGKATQMPEGGQGAPPMYQLYKRTFPVLLRLACDVDQVTRQLYEPLVMQLIHWFTNNKKFESQDTVALLEAILDGIVDPVDSTLRDFCGRCIREFLKWSIKQITPQQQEKSPVNTKSLFKRLYSLALHPNAFKRLGASLAFNNIYREFREEESLVEQFVFEALVIYMESLALAHADEKSLGTIQQCCDAIDHLCRIIEKKHVSLNKAKKRRLPRGFPPSASLCLLDLVKWLLAHCGRPQTECRHKSIELFYKFVPLLPGNRSPNLWLKDVLKEEGVSFLINTFEGGGCGQPSGILAQPTLLYLRGPFSLQATLCWLDLLLAALECYNTFIGERTVGALQVLGTEAQSSLLKAVAFFLESIAMHDIIAAEKCFGTGAAGNRTSPQEGERYNYSKCTVVVRIMEFTTTLLNTSPEGWKLLKKDLCNTHLMRVLVQTLCEPASIGFNIGDVQVMAHLPDVCVNLMKALKMSPYKDILETHLREKITAQSIEELCAVNLYGPDAQVDRSRLAAVVSACKQLHRAGLLHNILPSQSTDLHHSVGTELLSLVYKGIAPGDERQCLPSLDLSCKQLASGLLELAFAFGGLCERLVSLLLNPAVLSTASLGSSQGSVIHFSHGEYFYSLFSETINTELLKNLDLAVLELMQSSVDNTKMVSAVLNGMLDQSFRERANQKHQGLKLATTILQHWKKCDSWWAKDSPLETKMAVLALLAKILQIDSSVSFNTSHGSFPEVFTTYISLLADTKLDLHLKGQAVTLLPFFTSLTGGSLEELRRVLEQLIVAHFPMQSREFPPGTPRFNNYVDCMKKFLDALELSQSPMLLELMTEVLCREQQHVMEELFQSSFRRIARRGSCVTQVGLLESVYEMFRKDDPRLSFTRQSFVDRSLLTLLWHCSLDALREFFSTIVVDAIDVLKSRFTKLNESTFDTQITKKMGYYKILDVMYSRLPKDDVHAKESKINQVFHGSCITEGNELTKTLIKLCYDAFTENMAGENQLLERRRLYHCAAYNCAISVICCVFNELKFYQGFLFSEKPEKNLLIFENLIDLKRRYNFPVEVEVPMERKKKYIEIRKEAREAANGDSDGPSYMSSLSYLADSTLSEEMSQFDFSTGVQSYSYSSQDPRPATGRFRRREQRDPTVHDDVLELEMDELNRHECMAPLTALVKHMHRSLGPPQGEEDSVPRDLPSWMKFLHGKLGNPIVPLNIRLFLAKLVINTEEVFRPYAKHWLSPLLQLAASENNGGEGIHYMVVEIVATILSWTGLATPTGVPKDEVLANRLLNFLMKHVFHPKRAVFRHNLEIIKTLVECWKDCLSIPYRLIFEKFSGKDPNSKDNSVGIQLLGIVMANDLPPYDPQCGIQSSEYFQALVNNMSFVRYKEVYAAAAEVLGLILRYVMERKNILEESLCELVAKQLKQHQNTMEDKFIVCLNKVTKSFPPLADRFMNAVFFLLPKFHGVLKTLCLEVVLCRVEGMTELYFQLKSKDFVQVMRHRDDERQKVCLDIIYKMMPKLKPVELRELLNPVVEFVSHPSTTCREQMYNILMWIHDNYRDPESETDNDSQEIFKLAKDVLIQGLIDENPGLQLIIRNFWSHETRLPSNTLDRLLALNSLYSPKIEVHFLSLATNFLLEMTSMSPDYPNPMFEHPLSECEFQEYTIDSDWRFRSTVLTPMFVETQASQGTLQTRTQEGSLSARWPVAGQIRATQQQHDFTLTQTADGRSSFDWLTGSSTDPLVDHTSPSSDSLLFAHKRSERLQRAPLKSVGPDFGKKRLGLPGDEVDNKVKGAAGRTDLLRLRRRFMRDQEKLSLMYARKGVAEQKREKEIKSELKMKQDAQVVLYRSYRHGDLPDIQIKHSSLITPLQAVAQRDPIIAKQLFSSLFSGILKEMDKFKTLSEKNNITQKLLQDFNRFLNTTFSFFPPFVSCIQDISCQHAALLSLDPAAVSAGCLASLQQPVGIRLLEEALLRLLPAELPAKRVRGKARLPPDVLRWVELAKLYRSIGEYDVLRGIFTSEIGTKQITQSALLAEARSDYSEAAKQYDEALNKQDWVDGEPTEAEKDFWELASLDCYNHLAEWKSLEYCSTASIDSENPPDLNKIWSEPFYQETYLPYMIRSKLKLLLQGEADQSLLTFIDKAMHGELQKAILELHYSQELSLLYLLQDDVDRAKYYIQNGIQSFMQNYSSIDVLLHQSRLTKLQSVQALTEIQEFISFISKQGNLSSQVPLKRLLNTWTNRYPDAKMDPMNIWDDIITNRCFFLSKIEEKLTPLPEDNSMNVDQDGDPSDRMEVQEQEEDISSLIRSCKFSMKMKMIDSARKQNNFSLAMKLLKELHKESKTRDDWLVSWVQSYCRLSHCRSRSQGCSEQVLTVLKTVSLLDENNVSSYLSKNILAFRDQNILLGTTYRIIANALSSEPACLAEIEEDKARRILELSGSSSEDSEKVIAGLYQRAFQHLSEAVQAAEEEAQPPSWSCGPAAGVIDAYMTLADFCDQQLRKEEENASVIDSAELQAYPALVVEKMLKALKLNSNEARLKFPRLLQIIERYPEETLSLMTKEISSVPCWQFISWISHMVALLDKDQAVAVQHSVEEITDNYPQAIVYPFIISSESYSFKDTSTGHKNKEFVARIKSKLDQGGVIQDFINALDQLSNPELLFKDWSNDVRAELAKTPVNKKNIEKMYERMYAALGDPKAPGLGAFRRKFIQTFGKEFDKHFGKGGSKLLRMKLSDFNDITNMLLLKMNKDSKPPGNLKECSPWMSDFKVEFLRNELEIPGQYDGRGKPLPEYHVRIAGFDERVTVMASLRRPKRIIIRGHDEREHPFLVKGGEDLRQDQRVEQLFQVMNGILAQDSACSQRALQLRTYSVVPMTSRLGLIEWLENTVTLKDLLLNTMSQEEKAAYLSDPRAPPCEYKDWLTKMSGKHDVGAYMLMYKGANRTETVTSFRKRESKVPADLLKRAFVRMSTSPEAFLALRSHFASSHALICISHWILGIGDRHLNNFMVAMETGGVIGIDFGHAFGSATQFLPVPELMPFRLTRQFINLMLPMKETGLMYSIMVHALRAFRSDPGLLTNTMDVFVKEPSFDWKNFEQKMLKKGGSWIQEINVAEKNWYPRQKICYAKRKLAGANPAVITCDELLLGHEKAPAFRDYVAVARGSKDHNIRAQEPESGLSEETQVKCLMDQATDPNILGRTWEGWEPWMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 6
分子量 formula_weight	69945.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-,4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 5
分子量 formula_weight	82812.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHEDGPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIRAFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFEEGGDVDDLLDMI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	7672.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TAATAAACTAAAAACTATTATTATG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	7402.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TAATAATAGTTTTTAGTTTATTAG

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6zhaC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6zhaC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1600 — Ku70; Chain: A; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	59967

fit	/app/data/saxs_computation/zh/6zha/6zha.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zh/6zha/6zha.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zh/6zha/6zha.dat

Cryo-EM structure of DNA-PK monomer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-dependent protein kinase catalytic subunit,DNA-PKcs ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

X-ray repair cross-complementing protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

X-ray repair cross-complementing protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)