SAXSdb — 9iol

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iol
沉积日期 deposition_date	2024-07-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF.
关键词 keywords	DNA repair, NHEJ, Complex, Lactylation, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.65 Å
零角强度 I(0) i0	282446000.00
分子量 molecular_weight	129320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159480 Å³
包络体积 envelope_volume	220690 Å³
水化壳体积 shell_volume	52742 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.26 Å
包络 Rg envelope_rg	35.03 Å
形状 Rg shape_rg	35.68 Å
总 Rg total_rg	35.96 Å
总原子数 total_atoms	9036
残基数 n_residues	1059
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	282400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8480
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	0.131
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.837

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 5
分子量 formula_weight	82812.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9036

MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHEDGPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIRAFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFEEGGDVDDLLDMI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 6
分子量 formula_weight	69945.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-,4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPCPTPGPCPCPGPAPTPTPCPGPTPCPGPAPCPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6969.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGCTGCCGATTCGTCGACCTCGC

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPGPGPTPCPGPAPCPGPAPAPTPCPGPGPCPAPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	7156.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGAGGTCGACGAATCGGCAGCG

Entity 5 polymer

描述 description	Peptide from Non-homologous end-joining factor 1
分子量 formula_weight	1536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

SKVKRKKPRGLFS

Entity 6 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.46 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	298238

fit	/app/data/saxs_computation/io/9iol/9iol.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/9iol/9iol.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/9iol/9iol.dat

Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)