7cgb

Cryo-EM structure of the flagellar hook from Salmonella

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 257.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar hook protein FlgE

物种未注明

UniProt P0A1J1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 DL; UniProt 1–403 链 DM; UniProt 1–403 链 DN; UniProt 1–403 链 DO; UniProt 1–403 链 DP; UniProt 1–403 链 DQ; UniProt 1–403 链 DR; UniProt 1–403 链 DS; UniProt 1–403 链 DT; UniProt 1–403 链 DU; UniProt 1–403 链 DV; UniProt 1–403 链 DW; UniProt 1–403 链 DX; UniProt 1–403 链 DY; UniProt 1–403 链 DZ; UniProt 1–403 链 EA; UniProt 1–403 链 EB; UniProt 1–403 链 EC; UniProt 1–403 链 ED; UniProt 1–403 链 EE; UniProt 1–403 链 EF; UniProt 1–403 链 EG; UniProt 1–403 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGE_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 DL; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DM; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DN; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DO; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DP; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DQ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DR; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DS; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DT; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DU; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DV; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DW; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DX; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DY; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DZ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EA; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EB; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EC; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ED; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EE; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EF; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 EG; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7cgb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7cgb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7cgb
沉积日期 deposition_date2020-07-01
结构标题 titleCryo-EM structure of the flagellar hook from Salmonella
关键词 keywordsHook, FlgE, Hook-basal body, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.20
零角强度 I(0) i012955600000.00
分子量 molecular_weight921740.0 kDa
排除体积 excluded_volume1134600 ų
包络体积 envelope_volume1886700 ų
水化壳体积 shell_volume209990 ų
包络直径 envelope_diameter224.4
壳层 Rg shell_rg81.05
包络 Rg envelope_rg68.70
形状 Rg shape_rg70.21
总 Rg total_rg70.30
总原子数 total_atoms64834
残基数 n_residues8822
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax257.5
Rg (实空间) rg_real73.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51
I(0) (实空间) i0_real1.2960e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7520e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12980000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary93.7
偏度 Skewness skewness0.422
峰度 Kurtosis kurtosis0.208
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9890
最高正则化参数 α highest_alpha3143000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 0.884; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)