7jgm

Crystal Structure of the Ni-bound Human Heavy-chain variant 122H-delta C-star with meta-benzenedihyrdoxamate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Homo sapiens

UniProt P02794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–183 链 B; UniProt 2–183 链 C; UniProt 2–183 链 D; UniProt 2–183 链 E; UniProt 2–183 链 F; UniProt 2–183 链 G; UniProt 2–183 链 H; UniProt 2–183 链 I; UniProt 2–183 链 J; UniProt 2–183 链 K; UniProt 2–183 链 L; UniProt 2–183 链 M; UniProt 2–183 链 N; UniProt 2–183 链 O; UniProt 2–183 链 P; UniProt 2–183 链 Q; UniProt 2–183 链 R; UniProt 2–183 链 S; UniProt 2–183 链 T; UniProt 2–183 链 U; UniProt 2–183 链 V; UniProt 2–183 链 W; UniProt 2–183 链 X; UniProt 2–183 未记录 NI NICKEL (II) ION × 38 NA SODIUM ION × 8 V9D N~1~,N~3~-dihydroxybenzene-1,3-dicarboxamide × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Reservoir: 500 uL total volume: 40 mM CHES (pH 8.5), 120 mM NaCl, 0.474 mM NiCl2, 10% PEP Sitting Drop: 7.6 uL reservoir, 2 uL of 25 uM ferritin, 2.4 uL of 5 mM m-bdh in 50 mM CHES (pH 9.5) with 150 mM NaCl 分辨率 2.31 Å R-free 0.245
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 2–183 链 b; UniProt 2–183 链 c; UniProt 2–183 链 d; UniProt 2–183 链 e; UniProt 2–183 链 f; UniProt 2–183 链 g; UniProt 2–183 链 h; UniProt 2–183 链 i; UniProt 2–183 链 j; UniProt 2–183 链 k; UniProt 2–183 链 l; UniProt 2–183 链 m; UniProt 2–183 链 n; UniProt 2–183 链 o; UniProt 2–183 链 p; UniProt 2–183 链 q; UniProt 2–183 链 r; UniProt 2–183 链 s; UniProt 2–183 链 t; UniProt 2–183 链 u; UniProt 2–183 链 v; UniProt 2–183 链 w; UniProt 2–183 链 x; UniProt 2–183 未记录 NI NICKEL (II) ION × 38 NA SODIUM ION × 8 V9D N~1~,N~3~-dihydroxybenzene-1,3-dicarboxamide × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Reservoir: 500 uL total volume: 40 mM CHES (pH 8.5), 120 mM NaCl, 0.474 mM NiCl2, 10% PEP Sitting Drop: 7.6 uL reservoir, 2 uL of 25 uM ferritin, 2.4 uL of 5 mM m-bdh in 50 mM CHES (pH 9.5) with 150 mM NaCl 分辨率 2.31 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、173 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 B; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 C; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 D; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 E; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 F; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 G; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 H; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 I; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 J; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 K; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 L; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 M; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 N; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 O; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 P; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 Q; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 R; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 S; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 T; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 U; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 V; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 W; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 X; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 a; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 b; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 c; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 d; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 e; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 f; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 g; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 h; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 i; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 j; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 k; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 l; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 m; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 n; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 o; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 p; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 q; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 r; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 s; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 t; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 u; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 v; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 w; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183 作者链 x; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7jgm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7jgm
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jgm
沉积日期 deposition_date2020-07-19
结构标题 titleCrystal Structure of the Ni-bound Human Heavy-chain variant 122H-delta C-star with meta-benzenedihyrdoxamate
关键词 keywordsProtein-MOF, Ferritin-MOF, Self-Assembly, Ferritin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.94
零角强度 I(0) i03674590000.00
分子量 molecular_weight488620.0 kDa
排除体积 excluded_volume602270 ų
包络体积 envelope_volume968790 ų
水化壳体积 shell_volume148700 ų
包络直径 envelope_diameter136.7
壳层 Rg shell_rg63.80
包络 Rg envelope_rg47.87
形状 Rg shape_rg52.94
总 Rg total_rg53.25
总原子数 total_atoms34390
残基数 n_residues4176
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.2
Rg (实空间) rg_real53.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real3.6750e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3680000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8027
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary89.2
偏度 Skewness skewness-0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.640
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha142900000000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)