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7k1k

CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 238.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

物种未注明

UniProt P78527

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–4128 未记录 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3') ; × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7K1K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–2575（2574 aa）
链 A 2774–4127（1354 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–2575（2574 aa）
链 B 2774–4127（1354 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5W1R Cryo-EM structure of DNAPKcs 提交 2017-06-04 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 10–4128（4119 aa） 片段：UNP residues 10-4128
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ZFP Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 2) 提交 2020-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
6ZH2 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 1) 提交 2020-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6ZH4 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 3) 提交 2020-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
6ZH8 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:DNA 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K10 CryoEM structure of activated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7K11 CryoEM structure of inactivated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
7K19 CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex I) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7K1B CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex II) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7OTM Cryo-EM structure of DNA-PKcs in complex with NU7441 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 2R4 8-(dibenzo[b,d]thiophen-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-chromen-4-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7OTP DNA-PKcs in complex with ATPgammaS-Mg 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OTV DNA-PKcs in complex with wortmannin 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 KWT (1S,6BR,9AS,11R,11BR)-9A,11B-DIMETHYL-1-[(METHYLOXY)METHYL]-3,6,9-TRIOXO-1,6,6B,7,8,9,9A,10,11,11B-DECAHYDRO-3H-FURO[4, 3,2-DE]INDENO[4,5-H][2]BENZOPYRAN-11-YL ACETATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
7OTW DNA-PKcs in complex with AZD7648 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 MBW 7-methyl-2-[(7-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl)amino]-9-(oxan-4-yl)purin-8-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
7OTY DNA-PKcs in complex with M3814 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–4128（4128 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7TYR Cryo-EM structure of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex (see COMPND 13/14) 提交 2022-02-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunge-freeze was performed using a home-made manual plunger at typical indoor humidity (Los Angeles, CA) and at room temperature.
分辨率 3.33 Å
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZ9 Dimeric complex of DNA-PKcs 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.67 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
链 o 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
链 o 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRKDC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–4128； UniProt 1–4128

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

UniProt P12956

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–609 未记录 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3') ; × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7K1K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–608（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–608（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
3RZX Mouse importin alpha-Ku70 NLS peptide complex 提交 2011-05-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 537–558（22 aa） 片段：Nuclear localization signal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.223
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 34–534（501 aa） 片段：UNP residues 34-534
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 E 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–600（600 aa）
链 J 1–600（600 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol
分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–544（544 aa）
链 E 1–544（544 aa）
链 K 1–544（544 aa）
链 O 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 a 1–609（609 aa）
链 h 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 E 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 37–529（493 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 34–534（501 aa）
链 M 34–534（501 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
链 k 1–609（609 aa）
链 m 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 57 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–609； UniProt 1–609

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–732 未记录 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3') ; × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7K1K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–564（565 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 0–564（565 aa） 片段：residues 1-565
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1Q2Z The 3D solution structure of the C-terminal region of Ku86 提交 2003-07-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 591–708（118 aa） 片段：Ku86CTR (591-709)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-13C,15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3; 5% n-octyl-penta(ethylene glycol):octanol 0.96:1 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1RW2 Three-dimensional structure of Ku80 CTD 提交 2003-12-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 565–709（145 aa） 片段：Ku80 C-terminal Domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM phosphate buffer；压力 1
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 100% D2O
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, an | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3RZ9 Mouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex 提交 2011-05-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 559–571（13 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.29 Å R-free 0.218
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 6–541（536 aa） 片段：UNP residues 6-541
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 E 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol
分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric
链 B 2–555（554 aa）
链 F 2–555（554 aa）
链 L 2–555（554 aa）
链 P 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–732（732 aa）
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 b 1–732（732 aa）
链 j 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–732（732 aa）
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
链 U 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 F 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 5–536（532 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 6–545（540 aa）
链 N 6–545（540 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
链 l 1–732（732 aa）
链 n 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 62 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–732； UniProt 1–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7k1k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7k1k
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7k1k
沉积日期 deposition_date2020-09-07
结构标题 titleCryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV)
关键词 keywordsNHEJ, V(D)J recombination, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.75 Å
零角强度 I(0) i04142700000.00
分子量 molecular_weight545280.0 kDa
排除体积 excluded_volume683350 ų
包络体积 envelope_volume1137700 ų
水化壳体积 shell_volume142020 ų
包络直径 envelope_diameter231.4 Å
壳层 Rg shell_rg68.21 Å
包络 Rg envelope_rg64.42 Å
形状 Rg shape_rg66.76 Å
总 Rg total_rg66.74 Å
总原子数 total_atoms38243
残基数 n_residues4694
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax238.3 Å
Rg (实空间) rg_real66.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4142000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8624
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.5 Å
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.1150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha413800000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.779
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)