7mo0

Crystal Structure of Nucleoporin NUP50 Ran-Binding Domain in Complex with Ran-GPPNHP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Nuclear pore complex protein Nup50 × 1 (Q9UKX7) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 分辨率 2.45 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–216 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Nuclear pore complex protein Nup50 × 1 (Q9UKX7) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 分辨率 2.45 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 C; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216

Nuclear pore complex protein Nup50

Homo sapiens

UniProt Q9UKX7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 337–468 片段:RAN-binding domain of NUP50 (UNP residues 337-468) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 分辨率 2.45 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 337–468 片段:RAN-binding domain of NUP50 (UNP residues 337-468) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 分辨率 2.45 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP50_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–134; UniProt 337–468 作者链 D; PDB构建体 3–134; UniProt 337–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mo0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mo0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mo0
沉积日期 deposition_date2021-05-01
结构标题 titleCrystal Structure of Nucleoporin NUP50 Ran-Binding Domain in Complex with Ran-GPPNHP
关键词 keywordsnuclear pore complex component, nucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN, complex (small GTPase-nuclear protein); TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.35
零角强度 I(0) i095089700.00
分子量 molecular_weight77691.0 kDa
排除体积 excluded_volume97309 ų
包络体积 envelope_volume128690 ų
水化壳体积 shell_volume34547 ų
包络直径 envelope_diameter112.9
壳层 Rg shell_rg37.72
包络 Rg envelope_rg32.11
形状 Rg shape_rg32.33
总 Rg total_rg32.88
总原子数 total_atoms10885
残基数 n_residues659
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real32.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real9.5090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8628
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.0
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.377
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34420000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.860

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7mo0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id7mo0D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)