7nqb

X.ray structure of the oxaliplatin/beta-lactoglobulin adduct

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactoglobulin

物种未注明

UniProt P02754

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 17–178 未记录 PT PLATINUM (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.2M KCl, 0.04M HEPES, 35% v/v pentaerythritol propoxylate 分辨率 2.01 Å R-free 0.284
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 BBB; UniProt 17–178 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.2M KCl, 0.04M HEPES, 35% v/v pentaerythritol propoxylate 分辨率 2.01 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LACB_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 1–162; UniProt 17–178 作者链 BBB; PDB构建体 1–162; UniProt 17–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7nqb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7nqb
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7nqb
沉积日期 deposition_date2021-03-01
结构标题 titleX.ray structure of the oxaliplatin/beta-lactoglobulin adduct
关键词 keywordsBeta-lactoglobulin, Oxaliplatin, metal-based drugs, drug delivery, protein-metalation, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.35
零角强度 I(0) i022051000.00
分子量 molecular_weight36190.0 kDa
排除体积 excluded_volume45506 ų
包络体积 envelope_volume53824 ų
水化壳体积 shell_volume21548 ų
包络直径 envelope_diameter81.5
壳层 Rg shell_rg27.50
包络 Rg envelope_rg21.58
形状 Rg shape_rg21.34
总 Rg total_rg22.22
总原子数 total_atoms2522
残基数 n_residues319
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.2
Rg (实空间) rg_real22.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real2.2050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22050000.0000
解质量估计 total_estimate0.7639
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.465
峰度 Kurtosis kurtosis-0.111
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6542000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)