7oba

Cryo-EM structure of human RNA Polymerase I in complex with RRN3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 178.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1

物种未注明

UniProt O95602

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1720 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1720; UniProt 1–1720

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2

物种未注明

UniProt Q9H9Y6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1135 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1135; UniProt 1–1135

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

物种未注明

UniProt O15160

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–346 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–346; UniProt 1–346

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

物种未注明

UniProt P19388

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–210 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 56 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPAB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt P61218

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–127 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPAB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–127; UniProt 1–127

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

物种未注明

UniProt Q3B726

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–338 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPA43_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–338; UniProt 1–338

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt P52434

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–150 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

物种未注明

UniProt Q9P1U0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–126 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPA12_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt P62875

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–67 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB5_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–67; UniProt 1–67

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

物种未注明

UniProt P0DPB6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–133 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–133; UniProt 1–133

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

物种未注明

UniProt P53803

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–58 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 56 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB4_HUMAN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–58; UniProt 1–58

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

物种未注明

UniProt Q9GZS1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–419 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPA49_HUMAN
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–419; UniProt 1–419

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

物种未注明

UniProt O15446

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–510 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 × 1 (Q9NYV6) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPA34_HUMAN
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–510; UniProt 1–510

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3

Homo sapiens

UniProt Q9NYV6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–651 未记录 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 × 1 (O95602) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 × 1 (Q9H9Y6) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 × 1 (O15160) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (P19388) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (P61218) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 × 1 (Q3B726) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (P52434) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 × 1 (Q9P1U0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (P62875) DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 × 1 (P0DPB6) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (P53803) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 × 1 (Q9GZS1) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 × 1 (O15446) ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RRN3_HUMAN
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–651; UniProt 1–651

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oba

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oba
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oba
沉积日期 deposition_date2021-04-21
结构标题 titleCryo-EM structure of human RNA Polymerase I in complex with RRN3
关键词 keywordsRNA polymerase I, human, rRNA transcription, DNA-dependent RNA polymerase, pre-initiation, RRN3, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.37
零角强度 I(0) i03572520000.00
分子量 molecular_weight508300.0 kDa
排除体积 excluded_volume638490 ų
包络体积 envelope_volume912840 ų
水化壳体积 shell_volume132340 ų
包络直径 envelope_diameter193.9
壳层 Rg shell_rg62.99
包络 Rg envelope_rg53.99
形状 Rg shape_rg54.38
总 Rg total_rg54.53
总原子数 total_atoms35679
残基数 n_residues4477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.1
Rg (实空间) rg_real54.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.25
I(0) (实空间) i0_real3.5730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3574000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8745
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary67.6
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.314
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha377500000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.818

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7obaA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id7obaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)