7pd6

Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Sulfoxaflor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 AaA; UniProt 21–229 链 BaB; UniProt 21–229 链 CaC; UniProt 21–229 链 DaD; UniProt 21–229 链 EaE; UniProt 21–229 突变:Q55R, D66N, M114V 7II Sulfoxaflor × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;14-18% PEG3350, 0.1-0.25M diammonium hydrogen citrate, 15% glycerol 分辨率 2.00 Å R-free 0.231
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 FaF; UniProt 21–229 链 GaG; UniProt 21–229 链 HaH; UniProt 21–229 链 IaI; UniProt 21–229 链 JJJ; UniProt 21–229 突变:Q55R, D66N, M114V 7II Sulfoxaflor × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;14-18% PEG3350, 0.1-0.25M diammonium hydrogen citrate, 15% glycerol 分辨率 2.00 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、121 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AaA; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 BaB; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 CaC; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 DaD; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 EaE; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 FaF; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 GaG; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 HaH; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 IaI; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 JJJ; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pd6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pd6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pd6
沉积日期 deposition_date2021-08-04
结构标题 titleCrystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Sulfoxaflor
关键词 keywordsacetylcholine, protein, mutant, SIGNALING PROTEIN, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.86
零角强度 I(0) i0801322000.00
分子量 molecular_weight228570.0 kDa
排除体积 excluded_volume283630 ų
包络体积 envelope_volume386320 ų
水化壳体积 shell_volume71690 ų
包络直径 envelope_diameter154.2
壳层 Rg shell_rg49.36
包络 Rg envelope_rg44.13
形状 Rg shape_rg44.87
总 Rg total_rg45.00
总原子数 total_atoms16109
残基数 n_residues1993
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.1
Rg (实空间) rg_real45.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39
I(0) (实空间) i0_real8.0130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal801200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8513
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.8
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.492
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha108000000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.698

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)