8p1e

X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001613.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p1e
沉积日期 deposition_date	2023-05-11
结构标题 title	X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001613.
关键词 keywords	Fragment based drug design, Acetylcholine-binding protein, choline-binding proteins, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.27 Å
零角强度 I(0) i0	835358000.00
分子量 molecular_weight	231250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	287020 Å³
包络体积 envelope_volume	389510 Å³
水化壳体积 shell_volume	78770 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.47 Å
包络 Rg envelope_rg	39.01 Å
形状 Rg shape_rg	40.24 Å
总 Rg total_rg	40.74 Å
总原子数 total_atoms	16289
残基数 n_residues	2023
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	835500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8754
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.355
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	134800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetylcholine-binding protein
分子量 formula_weight	27060.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	16973

MRRNIFCLACLWIVQACLSLDRADILYNIRQTSRPDVIPTQRDRPVAVSVSLKFINILEVNEITNEVDVVFWQQTTWSDRTLAWNSSHSPDQVSVPISSLWVPDLAAYNAISKPEVLTPQLARVVSDGEVLYMPSIRQRFSCDVSGVDTESGATCRIKIGSWTHHSREISVDPTTENSDDSEYFSQYSRFEILDVTQKKNSVTYSCCPEAYEDVEVSLNFRKKGRSEILGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lymnaea stagnalis
通用名 common_name	great pond snail
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6523
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-[4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]piperazine
分子量 formula_weight	231.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	579

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.100 Å
晶胞边长 b length_b	121.080 Å
晶胞边长 c length_c	241.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.360 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2411

fit	/app/data/saxs_computation/p1/8p1e/8p1e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/8p1e/8p1e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/8p1e/8p1e.dat