7pel

CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 154.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pol protein

Simian T-lymphotropic virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 4 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 600–896 链 B； UniProt 600–896 链 D； UniProt 600–896 链 E； UniProt 600–896	未记录	;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ; × 2 （O75475,Q13362） ;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCPA)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PEL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 597–896（300 aa）链 B 597–896（300 aa）链 D 597–896（300 aa）链 E 597–896（300 aa）	突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 597–896（300 aa）链 B 597–896（300 aa）链 D 597–896（300 aa）链 E 597–896（300 aa）	突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7OUH Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir 提交 2021-06-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 600–896（297 aa）链 B 600–896（297 aa）链 D 600–896（297 aa）链 E 600–896（297 aa）	突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 KLQ Bictegravir × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4QY51_9STL1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 B； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 D； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 E； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896

;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ;

Homo sapiens

UniProt O75475

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 4 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–325 链 F； UniProt 1–325	未记录	Pol protein × 4 （Q4QY51） ;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCPA)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7PEL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z9E Solution structure of the HIV-1 integrase-binding domain in LEDGF/p75 提交 2005-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 347–471（125 aa）片段：sequence database residues 347-471 contains: HIV-1 integrase-binding domain (residues 347-429)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.25；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl, 50 mM Posphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM protein, 100 mM NaCl, 50 mM Phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM protein, 100 mM NaCl, 38 mM Na2HPO4, 12 mM NaH2PO4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 347–442（96 aa）片段：LEDGF 链 D 347–442（96 aa）片段：LEDGF	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.02 Å R-free 0.226
2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 347–442（96 aa）片段：LEDGF 链 D 347–442（96 aa）片段：LEDGF	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.02 Å R-free 0.226
2M16 P75/LEDGF PWWP Domain 提交 2012-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：unp residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.35；压力 ambient NMR样品组成 0.35-0.45 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.66 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MSR Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with MLL1 peptide (140-160) 提交 2014-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 344–426（83 aa）片段：UNP residues 344-425	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM MLL1_140, 0.5 mM [U-13C; U-15N] IBD, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 0.05 % beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MTN Solution structure of MLL-IBD complex 提交 2014-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 337–442（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N3A Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with POGZ peptide (1389-1404) 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 348–426（79 aa）片段：UNP residues 348-426	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM peptide, 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 m 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 q 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 u 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 W 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 i 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 a 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 m 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 q 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 u 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 O 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 S 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 e 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 a 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 e 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 i 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 H 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 L 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 J 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 L 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 H 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 I 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 J 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPH Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 F 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 G 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 H 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.7-0.9M (NH4)2HPO4, 2.5% Jeffamine M600,100mM Bis-Tris propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 347–435（89 aa）	未记录	CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 4 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 347–435（89 aa）	未记录	CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 1 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3ZEH Solution structure of the Hs. PSIP1 PWWP domain 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–100（98 aa）片段：PWWP DOMAIN, RESIDUES 3-100	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成 90% WATER 10% D2O 20 MM NAPI PH 6 100 MM NACL	分辨率未提供
4FU6 Crystal structure of the PSIP1 PWWP domain 提交 2012-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–135（135 aa）片段：UNP residues 1-135	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；The protein sample was treated with V8 protease. 2.5M ammonium sulfate, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
5N88 Crystal structure of antibody bound to viral protein 提交 2017-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 347–424（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25.0% PEG 3350, 10mM Tris pH8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
5N88 Crystal structure of antibody bound to viral protein 提交 2017-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 347–425（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25.0% PEG 3350, 10mM Tris pH8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
5OYM HIV Integrase Binding Domain of Lens Epithelium-Derived Growth Factor 提交 2017-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 345–431（87 aa）链 B 345–431（87 aa）链 C 345–431（87 aa）链 D 345–431（87 aa）链 E 345–431（87 aa）链 F 345–431（87 aa）链 G 345–431（87 aa）链 H 345–431（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M bis-Tris propane, pH 8.5 and 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.236
5YI9 Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - JPO2 (aa 56-91) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）片段：UNP RESIDUES 345-442,UNP RESIDUES 345-442	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD- JPO2 M2, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMO Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - JPO2 (aa 1-32) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-JPO2 M1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMP Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - POGZ (aa 1370-1404) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitraty NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-POGZ, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMQ Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - MLL1 (aa 111-160) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–443（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-MLL1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMR Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - IWS1 (aa 446-548) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–441（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-IWS1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å
6TRJ LEDGF/p75 IBD dimer 提交 2019-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 345–430（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 (Morpheus Molecular Dimensions condition H11)	分辨率 1.30 Å R-free 0.177
6TVM LEDGF/p75 dimer (residues 345-467) 提交 2020-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 345–467（123 aa）链 B 345–467（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6ZV0 TFIIS N-terminal domain (TND) from human LEDGF/p75 提交 2020-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–431（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）225；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75, 25 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–325（325 aa）链 F 1–325（325 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–325（325 aa）链 F 1–325（325 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7Z1Z MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution 提交 2022-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 Q 347–435（89 aa）链 R 347–435（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9BW9 Tetrameric Complex of full-length HIV-1 integrase protein bound to the integrase binding domain of LEDGF/p75 提交 2024-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 347–435（89 aa）链 F 347–435（89 aa）链 G 347–435（89 aa）链 H 347–435（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C	分辨率 4.10 Å
9XYC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q 提交 2025-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 l 2–530（529 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 34 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSIP1_HUMAN
Isoform	O75475-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–326； UniProt 1–325 作者链 F； PDB构建体 2–326； UniProt 1–325

;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ;

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 4 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 11–380 链 F； UniProt 11–380	未记录	Pol protein × 4 （Q4QY51） ;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCPA)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7PEL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2JAK Human PP2A regulatory subunit B56g 提交 2006-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–380（370 aa）片段：RESIDUES 11-380	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 29% MPD 0.1M TRIS, PH 8.0 20MM L-PROLINE	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
3FGA Structural Basis of PP2A and Sgo interaction 提交 2008-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 34–436（403 aa）片段：sequence database residues 34-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；295 K；0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5K6S The structure of the PP2A B56 subunit BubR1 complex 提交 2016-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 6K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
5SW9 The structure of the PP2A B56 subunit RepoMan complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.85 Å R-free 0.227
5SWF The structure of the PP2A B56 subunit double phosphorylated BubR1 complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8k, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.82 Å R-free 0.231
6OYL The structure of the PP2A B56 subunit KIF4A complex 提交 2019-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.75；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.75, 0.8 M lithium chloride, 8% PEG8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.231
6TOQ Crystal structure of a PP2A B56y/HTLV-1 integrase complex 提交 2019-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 11–380（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293.15 K；0.1 M Na/KPO4 pH 6.2, 20-% 1,2-propanediol, 10% glycerol	分辨率 3.16 Å R-free 0.294
6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 E 30–372（343 aa）链 F 30–372（343 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
6VRO The structure of the PP2A B56 subunit AIM1 complex 提交 2020-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 9% PEG8000, 0.9 M lithium chloride	分辨率 2.45 Å R-free 0.235
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7SOY The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex 提交 2021-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–449（449 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9GNJ Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% de PEG3350, 100mM Bis-Tris propane, 200 mM de Sodium Citrate	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
9MF5 CryoEM structure of the Protein Phosphatase 2A (Abeta-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MIP CryoEM structure of the Protein Phasphatase 2A (Aalpha-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	2A5G_HUMAN
Isoform	Q13362-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 328–697； UniProt 11–380 作者链 F； PDB构建体 328–697； UniProt 11–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pel
沉积日期 deposition_date	2021-08-10
结构标题 title	CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma
关键词 keywords	integrase, transferase, deltaretrovirus, PP2A, B56, phosphatase, molecular mimicry, host factor, DNA-binding, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.00 Å
零角强度 I(0) i0	749761000.00
分子量 molecular_weight	213790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262330 Å³
包络体积 envelope_volume	390290 Å³
水化壳体积 shell_volume	71472 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.8 Å
壳层 Rg shell_rg	49.51 Å
包络 Rg envelope_rg	45.55 Å
形状 Rg shape_rg	46.04 Å
总 Rg total_rg	46.02 Å
总原子数 total_atoms	14998
残基数 n_residues	1744
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	749600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8426
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.517
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.831

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pol protein
分子量 formula_weight	33885.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	14998

GPEFQLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLYRLHVWVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGLVERTNGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEAKPVTTSKTHWYYFKIPGLNSRQWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG

来源 Source

来源生物 organism	Simian T-lymphotropic virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33747
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ;
分子量 formula_weight	80394.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEGLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETEEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKEEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEEQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	9221.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K,M

ACTGTGTTTGGCGCTTCTCTCCCGGAGAGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	8593.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,N

TCTCTCCGGGAGAGAAGCGCCAAACACA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7pelA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7pelB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7pelD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7pelE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.34 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	161921

fit	/app/data/saxs_computation/pe/7pel/7pel.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/7pel/7pel.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/7pel/7pel.dat

CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pol protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)