7pt7

Structure of MCM2-7 DH complexed with Cdc7-Dbf4 in the presence of ADP:BeF3, state I

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 262.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication licensing factor MCM2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P29469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 1–868 链 B; UniProt 1–868 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868 作者链 B; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 1–971 链 C; UniProt 1–971 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971 作者链 C; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

DNA replication licensing factor MCM4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 1–933 链 D; UniProt 1–933 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933 作者链 D; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933

Minichromosome maintenance protein 5

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 5; UniProt 1–775 链 E; UniProt 1–775 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775 作者链 E; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775

DNA replication licensing factor MCM6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 6; UniProt 1–1017 链 F; UniProt 1–1017 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017 作者链 F; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 7; UniProt 1–845 链 G; UniProt 1–845 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845 作者链 G; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

Cell division control protein 7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P06243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 8; UniProt 1–507 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 (P32325) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC7_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 8; PDB构建体 1–507; UniProt 1–507

DDK kinase regulatory subunit DBF4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32325

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 9; UniProt 1–704 未记录 Undefined Mcm4 flexible N-terminal tail × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 2 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 2 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P38132) Cell division control protein 7 × 1 (P06243) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 1.5 seconds and blot force +2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DBF4_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 9; PDB构建体 1–704; UniProt 1–704

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pt7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pt7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pt7
沉积日期 deposition_date2021-09-26
结构标题 titleStructure of MCM2-7 DH complexed with Cdc7-Dbf4 in the presence of ADP:BeF3, state I
关键词 keywordsHelicase, Activation, Kinase, Phosphorylation, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.05
零角强度 I(0) i012880200000.00
分子量 molecular_weight960680.0 kDa
排除体积 excluded_volume1202200 ų
包络体积 envelope_volume1803700 ų
水化壳体积 shell_volume205820 ų
包络直径 envelope_diameter216.3
壳层 Rg shell_rg75.67
包络 Rg envelope_rg68.33
形状 Rg shape_rg71.07
总 Rg total_rg71.06
总原子数 total_atoms67420
残基数 n_residues8455
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax262.2
Rg (实空间) rg_real74.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40
I(0) (实空间) i0_real1.2930e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5880e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12890000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8988
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary83.4
偏度 Skewness skewness0.510
峰度 Kurtosis kurtosis0.126
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9994
最高正则化参数 α highest_alpha1357000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 0.863; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)