7sz5

Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to TGF-alpha "tips-separated" conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 134.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1210 链 B; UniProt 1–1210 未记录 Transforming growth factor alpha × 2 (P01135) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1210; UniProt 1–1210 作者链 B; PDB构建体 1–1210; UniProt 1–1210

Transforming growth factor alpha

Homo sapiens

UniProt P01135

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 40–89 链 D; UniProt 40–89 未记录 Epidermal growth factor receptor × 2 (P00533) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TGFA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–50; UniProt 40–89 作者链 D; PDB构建体 1–50; UniProt 40–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sz5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sz5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sz5
沉积日期 deposition_date2021-11-25
结构标题 titleCryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to TGF-alpha "tips-separated" conformation
关键词 keywordsreceptor tyrosine kinases, epidermal growth factor receptor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.37
零角强度 I(0) i0304397000.00
分子量 molecular_weight134460.0 kDa
排除体积 excluded_volume165050 ų
包络体积 envelope_volume247460 ų
水化壳体积 shell_volume50298 ų
包络直径 envelope_diameter138.0
壳层 Rg shell_rg45.69
包络 Rg envelope_rg41.61
形状 Rg shape_rg42.39
总 Rg total_rg42.48
总原子数 total_atoms9367
残基数 n_residues1214
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax134.5
Rg (实空间) rg_real42.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58
I(0) (实空间) i0_real3.0440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal304400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8961
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.2
偏度 Skewness skewness0.198
峰度 Kurtosis kurtosis-0.780
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24180000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.792

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)