8f1w

EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f1w
沉积日期 deposition_date	2022-11-06
结构标题 title	EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib
关键词 keywords	EGFR, kinase, inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.25 Å
零角强度 I(0) i0	276441000.00
分子量 molecular_weight	137750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174280 Å³
包络体积 envelope_volume	221310 Å³
水化壳体积 shell_volume	53700 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.44 Å
包络 Rg envelope_rg	32.85 Å
形状 Rg shape_rg	33.24 Å
总 Rg total_rg	33.93 Å
总原子数 total_atoms	9658
残基数 n_residues	1185
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	276500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.162
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.905

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Epidermal growth factor receptor
分子量 formula_weight	37724.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	T790M, V948R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9658

GSTSGEAPNQALLRILKETEFKKIKVLGSGAFGTVYKGLWIPEGEKVKIPVAIKELREATSPKANKEILDEAYVMASVDNPHVCRLLGICLTSTVQLIMQLMPFGCLLDYVREHKDNIGSQYLLNWCVQIAKGMNYLEDRRLVHRDLAARNVLVKTPQHVKITDFGLAKLLGAEEKEYHAEGGKVPIKWMALESILHRIYTHQSDVWSYGVTVWELMTFGSKPYDGIPASEISSILEKGERLPQPPICTIDVYMIMRKCWMIDADSRPKFRELIIEFSKMARDPQRYLVIQGDERMHLPSPTDSNFYRALMDEEDMDDVVDADEYLIPQQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[4-[4-[[3,4-bis(chloranyl)-2-fluoranyl-phenyl]amino]-7-methoxy-quinazolin-6-yl]oxypiperidin-1-yl]propan-1-one
分子量 formula_weight	493.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.790 Å
晶胞边长 b length_b	102.534 Å
晶胞边长 c length_c	87.328 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	85.320 Å
R 因子 r_factor	0.2332
R_work r_work	0.2309
R_free r_free	0.2741

fit	/app/data/saxs_computation/f1/8f1w/8f1w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f1/8f1w/8f1w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f1/8f1w/8f1w.dat

EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)