9gl8

EGFR Exon20 insertion mutant NPG bound with STX-721

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gl8
沉积日期 deposition_date	2024-08-27
结构标题 title	EGFR Exon20 insertion mutant NPG bound with STX-721
关键词 keywords	Kinase, Inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.75 Å
零角强度 I(0) i0	20991800.00
分子量 molecular_weight	36054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45618 Å³
包络体积 envelope_volume	53253 Å³
水化壳体积 shell_volume	22148 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.65 Å
包络 Rg envelope_rg	20.15 Å
形状 Rg shape_rg	19.84 Å
总 Rg total_rg	20.42 Å
总原子数 total_atoms	5057
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6313
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7117000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Epidermal growth factor receptor
分子量 formula_weight	38677.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	V948R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5535

MSGEAPNQALLRILKETEFKKIKVLGSGAFGTVYKGLWIPEGEKVKIPVAIKELREATSPKANKEILDEAYVMASVDNPGNPHVCRLLGICLTSTVQLITQLMPFGCLLDYVREHKDNIGSQYLLNWCVQIAKGMNYLEDRRLVHRDLAARNVLVKTPQHVKITDFGLAKLLGAEEKEYHAEGGKVPIKWMALESILHRIYTHQSDVWSYGVTVWELMTFGSKPYDGIPASEISSILEKGERLPQPPICTIDVYMIMRKCWMIDADSRPKFRELIIEFSKMARDPQRYLVIQGDERMHLPSPTDSNFYRALMDEEDMDDVVDADEYLIPQQGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2R,3S)-3-[(3-chloranyl-2-methoxy-phenyl)amino]-2-[3-[2-[(2R)-1-[(E)-4-(dimethylamino)but-2-enoyl]-2-methyl-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridin-4-yl]-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one ;
分子量 formula_weight	589.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	374

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.291 Å
晶胞边长 b length_b	106.741 Å
晶胞边长 c length_c	175.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.632 Å
最低分辨率 resolution_low	34.626 Å
R 因子 r_factor	0.1885
R_work r_work	0.1867
R_free r_free	0.2244

fit	/app/data/saxs_computation/gl/9gl8/9gl8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/9gl8/9gl8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/9gl8/9gl8.dat