7txf

The allosteric binding mode of alphaD-conotoxin VxXXB

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–224 链 B; UniProt 20–224 链 C; UniProt 20–224 链 D; UniProt 20–224 链 E; UniProt 20–224 未记录 Alpha-conotoxin VxXXB × 3 (P0C1W6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296.15 K;0.91 M lithium chloride, 16% PEG6000 and 0.1 M MES monohydrate pH 6.4 分辨率 2.47 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 B; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 D; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 E; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224

Alpha-conotoxin VxXXB

物种未注明

UniProt P0C1W6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 66–95 链 G; UniProt 66–95 链 H; UniProt 66–95 未记录 Acetylcholine-binding protein × 5 (P58154) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296.15 K;0.91 M lithium chloride, 16% PEG6000 and 0.1 M MES monohydrate pH 6.4 分辨率 2.47 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDKB_CONVX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–30; UniProt 66–95 作者链 G; PDB构建体 1–30; UniProt 66–95 作者链 H; PDB构建体 1–30; UniProt 66–95

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7txf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7txf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7txf
沉积日期 deposition_date2022-02-09
结构标题 titleThe allosteric binding mode of alphaD-conotoxin VxXXB
关键词 keywordsAlpha-conotoxin, Complex, ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, CHOLINE-BINDING PROTEIN-ANTAGONIST complex, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.76
零角强度 I(0) i0265929000.00
分子量 molecular_weight124840.0 kDa
排除体积 excluded_volume154150 ų
包络体积 envelope_volume201260 ų
水化壳体积 shell_volume51624 ų
包络直径 envelope_diameter100.7
壳层 Rg shell_rg40.12
包络 Rg envelope_rg30.16
形状 Rg shape_rg30.71
总 Rg total_rg31.73
总原子数 total_atoms8771
残基数 n_residues1103
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.1
Rg (实空间) rg_real32.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real2.6590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal266000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9050
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.7
偏度 Skewness skewness-0.035
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40630000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.923

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)