7ud5

Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0A310TTQ1_XENLA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 E; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H4_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 F; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 Q6AZJ8_XENLA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 G; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H2B11_XENLA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–123; UniProt 5–126 作者链 H; PDB构建体 2–123; UniProt 5–126

cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX

Homo sapiens

UniProt B4DIJ7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 B4DIJ7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 2–226; UniProt 99–323

WD repeat-containing protein 5

Homo sapiens

UniProt P61964

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 WDR5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 3–335; UniProt 2–334

Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2

Homo sapiens

UniProt Q9UBL3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ASH2L_HUMAN
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–534; UniProt 95–628

Retinoblastoma-binding protein 5

Homo sapiens

UniProt Q15291

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RBBP5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–538; UniProt 1–538

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt J3QS39

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Protein dpy-30 homolog × 2 (Q9C005) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 J3QS39_HUMAN
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 6–81; UniProt 1–76

Protein dpy-30 homolog

Homo sapiens

UniProt Q9C005

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX × 1 (B4DIJ7) WD repeat-containing protein 5 × 1 (P61964) Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 (Q9UBL3) Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 (Q15291) Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 DPY30_HUMAN
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 6–104; UniProt 1–99 作者链 Q; PDB构建体 6–104; UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ud5
沉积日期 deposition_date2022-03-18
结构标题 titleComplex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome
关键词 keywordsubiquitin, chromatin, MLL, methylation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ud5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ud5__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ud5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)50.76 Å
Rg(电子密度)50.15 Å
总 Rg50.41 Å
原子数22681
残基数2393
排除体积385470 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7ud5__assembly_1__model_1 heptadecameric (17) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

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7. 引用文献 (1)