8dh1

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 RNA polymerase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 2 RNA 1	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1 GLYCEROL × 2 1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-1H-pyrrole-2-carbaldehyde × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与全部聚合物一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 2 RNA 1	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 1	Template strand DNA × 1 RNA × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与全部聚合物一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 2 RNA 1	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOL_BPT7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 E； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 I； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 L； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dh1
沉积日期 deposition_date	2022-06-24
结构标题 title	T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair
关键词 keywords	T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base, Ds-Pa, synthetic DNA, transcription, Transferase-DNA-RNA complex; Transferase/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dh1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dh1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.98 Å
Rg（电子密度）	30.69 Å
总 Rg	31.24 Å
原子数	7388
残基数	884
排除体积	129500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dh1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8dh1__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8dh1__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8dh1__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T7 RNA polymerase
分子量 formula_weight	98984.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,I,L
原子数 atom_count	27087

MNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISPMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Template strand DNA
分子量 formula_weight	5616.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,F,J,M

GGGAATCGAXATCGCCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	3851.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,N

AACUGCGGCGAU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Non-template strand DNA
分子量 formula_weight	2666.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,O

TCGATTCCC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-1H-pyrrole-2-carbaldehyde
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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晶胞边长 a length_a	78.866 Å
晶胞边长 b length_b	86.156 Å
晶胞边长 c length_c	201.676 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.85 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	39.340 Å
R 因子 r_factor	0.2318
R_work r_work	0.2297
R_free r_free	0.2715

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dh1__assembly_1__model_1

8dh1__assembly_1__model_1 | I(q)

8dh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dh1__assembly_1__model_1

8dh1__assembly_1__model_1 | I(q)

8dh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)