8ebt

XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERCC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–730； UniProt 1–730

General transcription factor IIH subunit 1

Homo sapiens

UniProt P32780

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2H1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–438； UniProt 111–548

General transcription factor IIH subunit 4

Homo sapiens

UniProt Q92759

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–446； UniProt 17–462

General transcription factor IIH subunit 2

Homo sapiens

UniProt Q13888

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2H2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–380； UniProt 8–387

General transcription factor IIH subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q13889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TF2H3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–284； UniProt 6–289

General transcription factor IIH subunit 5

Homo sapiens

UniProt Q6ZYL4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2H5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–66； UniProt 4–69

Centrin-2

Homo sapiens

UniProt P41208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 （P23025） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CETN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 103–172

DNA repair protein complementing XP-A cells

Homo sapiens

UniProt P23025

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 Centrin-2 × 1 （P41208） DNA (Cy5) × 1 DNA × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 6 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–172； UniProt 102–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ebt
沉积日期 deposition_date	2022-08-31
结构标题 title	XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)
关键词 keywords	protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ebt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ebt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ebt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.35 Å
Rg（电子密度）	55.87 Å
总 Rg	56.02 Å
原子数	27017
残基数	3215
排除体积	478100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ebt__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
分子量 formula_weight	69405.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	27026

KVDEYGAKDYRLQMPLKDDHTSRPLWVAPDGHIFLEAFSPVYKYAQDFLVAIAEPVCRPTHVHEYKLTAYSLYAAVSVGLQTSDITEYLRKLSKTGVPDGIMQFIKLCTVSYGKVKLVLKHNRYFVESCHPDVIQHLLQDPVIRECRLRNSEGEATETVSFEVKQEMIEELQKRCIHLEYPLLAEYDFRNDSVNPDINIDLKPTAVLRPYQEKSLRKMFGNGRARSGVIVLPCGAGKSLVGVTAACTVRKRCLVLGNSAVSVEQWKAQFKMWSTIDDSQICRFTSDAKDKPIGCSVAISTYSMLGHTTKRSWEAERVMEWLKTQEWGLMILDEVHTIPAKMFRRVLTIVQAHCKLGLTATLVREDDKIVDLNFLIGPKLYEANWMELQNNGYIAKVQCAEVWCPMSPEFYREYVAIKTKKRILLYTMNPNKFRACQFLIKFHERRNDKIIVFADNVFALKEYAIRLNKPYIYGPTSQGERMQILQNFKHNPKINTIFISKVGDTSFDLPEANVLIQISSHGGSRRQEAQRLGRVLRYNAFFYSLVSQDTQEMAYSTKRQRFLVDQGYSFKVITKLAGMEEEDLAFSTKEEQQQLLQKVLAATD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
分子量 formula_weight	83582.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYFLRQMAQPFHR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 1
分子量 formula_weight	49569.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LEEKNRMLQEDPVLFQLYKDLVVSQVISAEEFWANRLNVNATDSSSTSNHKQDVGISAAFLADVRPQTDGCNGLRYNLTSDIIESIFRTYPAVKMKYAENVPHNMTEKEFWTRFFQSHYFHRDRLNTGSKDLFAECAKIDEKGLKTMVSLGVKNPLLDLTALEDKPLDEGYGISSVPSASNSKSIKENSNAAIIKRFNHHSAMVLAAGLRKQEAQNEQTSEPSNMDGNSGDADCFQPAVKRAKLQESIEYEDLGKNNSVKTIALNLKKSDRYYHGPTPIQSLQYATSQDIINSFQSIRQEMEAYTPKLTQVLSSSAASSTITALSPGGALMQGGTQQAINQMVPNDIQSELKHLYVAVGELLRHFWSCFPVNTPFLEEKVVKMKSNLERFQVTKLCPFQEKIRRQYLSTNLVSHIEEMLQTAYNKLHTWQSRRLMKKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 4
分子量 formula_weight	50432.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

RNLQEFLGGLSPGVLDRLYGHPATCLAVFRELPSLAKNWVMRMLFLEQPLPQAAVALWVKKEFSKAQEESTGLLSGLRIWHTQLLPGGLQGLILNPIFRQNLRIALLGGGKAWSDDTSQLGPDKHARDVPSLDKYAEERWEVVLHFMVGSPSAAVSQDLAQLLSQAGLMKSTEPGEPPCITSAGFQFLLLDTPAQLWYFMLQYLQTAQSRGMDLVEILSFLFQLSFSTLGKDYSVEGMSDSLLNFLQHLREFGLVFQRKRKSRRYYPTRLAINLSSGVSGAGGTVHQPGFIVVETNYRLYAYTESELQIALIALFSEMLYRFPNMVVAQVTRESVQQAIASGITAQQIIHFLRTRAHPVMLKQTPVLPPTITDQIRLWELERDRLRFTEGVLYNQFLSQVDFELLLAHARELGVLVFENSAKRLMVVTPAGHSDVKRFWKRQKHSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 2
分子量 formula_weight	42772.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

TKRWEGGYERTWEILKEDESGSLKATIEDILFKAKRKRVFEHHGGVRLGMMRHLYVVVDGSRTMEDQDLKPNRLTCTLKLLEYFVEEYFDQNPISQIGIIVTKSKRAEKLTELSGNPRKHITSLKKAVDMTCHGEPSLYNSLSIAMQTLKHMPGHTSREVLIIFSSLTTCDPSNIYDLIKTLKAAKIRVSVIGLSAEVRVCTVLARETGGTYHVILDESHYKELLTHHVSPPPASSSSECSLIRMGFPQHTIASLSDQDAKPSFSMAHLDGNTEPGLTLGGYFCPQCRAKYCELPVECKICGLTLVSAPHLARSYHHLFPLDAFQEIPLEEYNGERFCYGCQGELKDQHVYVCAVCQNVFCVDCDVFVHDSLHCCPGCIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 3
分子量 formula_weight	31788.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DELNLLVIVVDANPIWWGKQALKESQFTLSKCIDAVMVLGNSHLFMNRSNKLAVIASHIQESRFLYPGKNGRLGDFFGDPGNPPEFNPSGSKDGKYELLTSANEVIVEEIKDLMTKSDIKGQHTETLLAGSLAKALCYIHRMNKEVKDNQEMKSRILVIKAAEDSALQYMNFMNVIFAAQKQNILIDACVLDSDSGLLQQACDITGGLYLKVPQMPSLLQYLLWVFLPDQDQRSQLILPPPVHVDYRAACFCHRNLIEIGYVCSVCLSIFCNFSPICTTCETAF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 5
分子量 formula_weight	7458.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

VLKGVLIECDPAMKQFLLYLDESNALGKKFIIQDIDDTHVFVIAELVNVLQERVGELMDQNAFSLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA repair protein complementing XP-C cells
分子量 formula_weight	31552.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PTAIGLYKNHPLYALKRHLLKYEAIYPETAAILGYCRGEAVYSRDCVHTLHSRDTWLKKARVVRLGEVPYKMVKGFSNRARKARLAEPQLREENDLGLFGYWQTEEYQPPVAVDGKVPRNEFGNVYLFLPSMMPIGCVQLNLPNLHRVARKLDIDCVQAITGFDFHGGYSHPVTDGYIVCEEFKDVLLTAWENEQAVIERKEKEKKEKRALGNWKLLAKGLLIRERLKRRYGGTSSQAEAARILAASWPQNREDEEKQKEKKAAASHLFPFEKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Centrin-2
分子量 formula_weight	8183.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

KEEILKAFKLFDDDETGKISFKNLKRVAKELGENLTDEELQEMIDEADRDGDGEVSEQEFLRIMKKTSLY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA repair protein complementing XP-A cells
分子量 formula_weight	20787.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

YVICEECGKEFMDSYLMNHFDLPTCDNCRDADDKHKLITKTEAKQEYLLKDCDLEKREPPLKFIVKKNPHHSQWGDMKLYLKLQIVKRSLEVWGSQEALEEAKEVRQENREKMKQKKFDKKVKELRRAVRSSVWKRETIVHQHEYGPEENLEDDMYRKTCTMCGHELTYEKM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA (Cy5)
分子量 formula_weight	13914.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

AGGTAGTCACAGCTGATTGCGCTGAGGATXTAGACGTGCGATAT

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	13707.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

ATATCGCACGTCTATTATCCTCAGCGCAATCAGCTGTGACTACCT

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8ebtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ebtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ebtE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	8ebtE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	8ebtK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	530 — Nucleotide Excision Repair Protein XPA (XPA-MBD); B Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — XPA C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	173440

XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centrin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein complementing XP-A cells

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ebt__assembly_1__model_1

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