8itv

KL2.1 in complex with CRM1-Ran-RanBP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 突变:Q69L, L182A YRB1 isoform 1 × 1 (A0A6A5PZB5) CRM1 isoform 1 × 1 (A0A6A5PZI8) MG MAGNESIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 GOL GLYCEROL × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 Q73 (3~{S},5~{R},6~{E},8~{Z},10~{R},12~{E},14~{E},16~{S})-3,16-bis(azanyl)-8,10,12-trimethyl-16-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-5-methyl-4-oxidanyl-6-[(~{E})-prop-1-enyl]oxan-2-yl]-5-oxidanyl-hexadeca-6,8,12,14-tetraenoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS), and 50 % Precipitant Mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000) 分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–216; UniProt 1–216

YRB1 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PZB5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–201 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) CRM1 isoform 1 × 1 (A0A6A5PZI8) MG MAGNESIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 GOL GLYCEROL × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 Q73 (3~{S},5~{R},6~{E},8~{Z},10~{R},12~{E},14~{E},16~{S})-3,16-bis(azanyl)-8,10,12-trimethyl-16-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-5-methyl-4-oxidanyl-6-[(~{E})-prop-1-enyl]oxan-2-yl]-5-oxidanyl-hexadeca-6,8,12,14-tetraenoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS), and 50 % Precipitant Mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000) 分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZB5_YEASX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–140; UniProt 62–201

CRM1 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PZI8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1058 突变:S27E , Q49E, A51V, del377-413, del441-461, D537G, T539C, V540E, K541Q, S553R, Q561E, A741T, Y1022C GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) YRB1 isoform 1 × 1 (A0A6A5PZB5) MG MAGNESIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 GOL GLYCEROL × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 Q73 (3~{S},5~{R},6~{E},8~{Z},10~{R},12~{E},14~{E},16~{S})-3,16-bis(azanyl)-8,10,12-trimethyl-16-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-5-methyl-4-oxidanyl-6-[(~{E})-prop-1-enyl]oxan-2-yl]-5-oxidanyl-hexadeca-6,8,12,14-tetraenoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS), and 50 % Precipitant Mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000) 分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZI8_YEASX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–1003; UniProt 1–1058

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8itv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8itv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8itv
沉积日期 deposition_date2023-03-23
最后修订 last_revision2024-03-27
结构标题 titleKL2.1 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
关键词 keywordsnuclear export inhibitor, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.43
零角强度 I(0) i0351558000.00
分子量 molecular_weight155050.0 kDa
排除体积 excluded_volume195500 ų
包络体积 envelope_volume254660 ų
水化壳体积 shell_volume57855 ų
包络直径 envelope_diameter111.8
壳层 Rg shell_rg43.79
包络 Rg envelope_rg34.62
形状 Rg shape_rg35.43
总 Rg total_rg36.01
总原子数 total_atoms10892
残基数 n_residues1324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.4
Rg (实空间) rg_real35.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real3.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal351600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9076
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.2
偏度 Skewness skewness0.033
峰度 Kurtosis kurtosis-0.618
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46410000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.959

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)