8jcb

Vgamma5 Vdelta1 T cell receptor complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 185.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

Homo sapiens

UniProt P20963

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 链 B; UniProt 1–164 链 a; UniProt 1–164 链 b; UniProt 1–164 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3Z_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 B; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 a; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 b; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

Homo sapiens

UniProt P04234

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–171 链 d; UniProt 1–171 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3D_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–171; UniProt 1–171 作者链 d; PDB构建体 1–171; UniProt 1–171

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

Homo sapiens

UniProt P07766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–207 链 F; UniProt 1–207 链 e; UniProt 1–207 链 f; UniProt 1–207 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3E_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 F; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 e; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 f; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

Homo sapiens

UniProt P09693

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–182 链 g; UniProt 1–182 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3G_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182 作者链 g; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt A0A1B0GX56

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 21–114 链 m; UniProt 21–114 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRDV1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 38–131; UniProt 21–114 作者链 m; PDB构建体 38–131; UniProt 21–114

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt B7Z8K6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–153 链 m; UniProt 1–153 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (A0A0B4J1U4,P0CF51) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TRDC_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 155–307; UniProt 1–153 作者链 m; PDB构建体 155–307; UniProt 1–153

T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J1U4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 19–118 链 n; UniProt 19–118 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRGV5_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 38–137; UniProt 19–118 作者链 n; PDB构建体 38–137; UniProt 19–118

T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt P0CF51

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–173 链 n; UniProt 1–173 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant × 2 (A0A1B0GX56,B7Z8K6) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRGC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 159–331; UniProt 1–173 作者链 n; PDB构建体 159–331; UniProt 1–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8jcb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8jcb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8jcb
沉积日期 deposition_date2023-05-10
结构标题 titleVgamma5 Vdelta1 T cell receptor complex
关键词 keywordsReceptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.38
零角强度 I(0) i0668895000.00
分子量 molecular_weight226830.0 kDa
排除体积 excluded_volume287790 ų
包络体积 envelope_volume529000 ų
水化壳体积 shell_volume72937 ų
包络直径 envelope_diameter188.2
壳层 Rg shell_rg65.84
包络 Rg envelope_rg55.97
形状 Rg shape_rg60.41
总 Rg total_rg60.39
总原子数 total_atoms15950
残基数 n_residues2002
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax185.1
Rg (实空间) rg_real60.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.04
I(0) (实空间) i0_real6.6890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal669300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6323
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary92.5
偏度 Skewness skewness-0.054
峰度 Kurtosis kurtosis-0.748
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20950000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.001; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.388

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)