8kg9

Yeast replisome in state III

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 264.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication licensing factor MCM2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q1S9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 1–868 未记录 DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q1S9_YEASX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 1–971 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

DNA replication licensing factor MCM4

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 4; UniProt 1–933 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933

Minichromosome maintenance protein 5

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 5; UniProt 1–775 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775

DNA replication licensing factor MCM6

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 6; UniProt 1–1017 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM6_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4BTB2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 7; UniProt 1–845 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8H4BTB2_YEASX
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

DNA replication complex GINS protein PSF1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–208 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSF1_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 1–208

DNA replication complex GINS protein PSF2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40359

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–213 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSF2_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–213; UniProt 1–213

DNA replication complex GINS protein PSF3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12146

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–194 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSF3_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–194; UniProt 1–194

DNA replication complex GINS protein SLD5

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q03406

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–294 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SLD5_YEAST
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–294; UniProt 1–294

Cell division control protein 45

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q08032

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–650 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC45_YEAST
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–650; UniProt 1–650

DNA polymerase alpha-binding protein

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q01454

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–927 链 G; UniProt 1–927 链 H; UniProt 1–927 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTF4_YEAST
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–927; UniProt 1–927 作者链 G; PDB构建体 1–927; UniProt 1–927 作者链 H; PDB构建体 1–927; UniProt 1–927

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P21951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 1–2222 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon subunit B × 1 (P24482) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOE_YEAST
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–2222; UniProt 1–2222

DNA polymerase epsilon subunit B

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P24482

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物数一致 链 N; UniProt 1–689 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (A0A6A5Q1S9) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (A0A8H4BTB2) DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) DNA (70-mer) × 1 DNA (61-mer) × 1 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 (P21951) ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPB2_YEAST
Isoform
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–689; UniProt 1–689

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8kg9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8kg9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8kg9
沉积日期 deposition_date2023-08-17
最后修订 last_revision2023-12-06
结构标题 titleYeast replisome in state III
关键词 keywordsreplisome, complex, DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.86
零角强度 I(0) i011183100000.00
分子量 molecular_weight903400.0 kDa
排除体积 excluded_volume1133300 ų
包络体积 envelope_volume1682100 ų
水化壳体积 shell_volume193200 ų
包络直径 envelope_diameter247.3
壳层 Rg shell_rg73.25
包络 Rg envelope_rg71.03
形状 Rg shape_rg72.90
总 Rg total_rg72.70
总原子数 total_atoms63507
残基数 n_residues7933
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax264.5
Rg (实空间) rg_real76.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50
I(0) (实空间) i0_real1.1240e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1980e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal72.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11180000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8857
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary84.2
偏度 Skewness skewness0.548
峰度 Kurtosis kurtosis0.010
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0580
最高正则化参数 α highest_alpha1015000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 0.859; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.665

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (20)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)