8p22

X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with IOTA376.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–224 链 B; UniProt 20–224 链 C; UniProt 20–224 链 D; UniProt 20–224 链 E; UniProt 20–224 链 F; UniProt 20–224 链 G; UniProt 20–224 链 H; UniProt 20–224 链 I; UniProt 20–224 链 J; UniProt 20–224 未记录 WNO 2-[(2~{R})-1-ethylimidazolidin-2-yl]-6-pyridin-2-yl-pyridine × 9 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG 3350 3% Ammonium sulphate 1.8M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75 分辨率 2.20 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 B; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 D; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 E; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 F; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 G; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 H; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 I; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224 作者链 J; PDB构建体 1–205; UniProt 20–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p22

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p22
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8p22
沉积日期 deposition_date2023-05-14
结构标题 titleX-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with IOTA376.
关键词 keywordsFragment based drug design, Acetylcholine-binding protein, choline-binding proteins, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.03
零角强度 I(0) i0808668000.00
分子量 molecular_weight229680.0 kDa
排除体积 excluded_volume285950 ų
包络体积 envelope_volume382760 ų
水化壳体积 shell_volume77833 ų
包络直径 envelope_diameter133.9
壳层 Rg shell_rg47.26
包络 Rg envelope_rg38.87
形状 Rg shape_rg40.00
总 Rg total_rg40.54
总原子数 total_atoms16200
残基数 n_residues1998
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.2
Rg (实空间) rg_real40.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99
I(0) (实空间) i0_real8.0870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal808800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8740
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.5
偏度 Skewness skewness0.255
峰度 Kurtosis kurtosis-0.328
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha142700000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.900

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)