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8qri

TRRAP and EP400 in the human Tip60 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 197.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transformation/transcription domain-associated protein

物种未注明

UniProt Q9Y4A5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–3859 未记录 E1A-binding protein p400 × 1 （Q96L91） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8QRI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8H7G Cryo-EM structure of the human SAGA complex 提交 2022-10-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–3859（3859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8XVG Structure of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–3830（3830 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.40 Å
8XVV The TRRAP module of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–3830（3830 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9C47 TRRAP module of the human TIP60 complex 提交 2024-06-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–3859（3859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9CAD Cryo-EM structure of the TRRAP lobe of the native human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–3830（3830 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9CAF Cryo-EM structure of the reconstituted TRRAP lobe of the human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–3830（3830 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.35 Å
9RDK Cryo-EM structure of the human SAGA co-activator complex 提交 2025-06-03 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 C 1–3859（3859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.41 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRRAP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–3859； UniProt 1–3859

E1A-binding protein p400

物种未注明

UniProt Q96L91

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–3159 未记录 Transformation/transcription domain-associated protein × 1 （Q9Y4A5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8QRI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8QR1 Cryo-EM structure of the human Tip60 complex 提交 2023-10-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 A 1–3159（3159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8XVG Structure of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–3123（3123 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.40 Å
8XVT The core subcomplex of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 H 1–3123（3123 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XVV The TRRAP module of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–3123（3123 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9C47 TRRAP module of the human TIP60 complex 提交 2024-06-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–3159（3159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9C57 Reconstituted P400 Subcomplex of the human TIP60 complex 提交 2024-06-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 G 1–3159（3159 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9C62 P400 subcomplex of the native human TIP60 complex 提交 2024-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 G 1–3159（3159 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.28 Å
9C6N ARP module of the human TIP60 complex 提交 2024-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–3159（3159 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
9CAC Cryo-EM structure of the RuvBL lobe of the native human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 A 1–3159（3159 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9CAD Cryo-EM structure of the TRRAP lobe of the native human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3159（3159 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9CAE Cryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 658–3159（2502 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
9CAF Cryo-EM structure of the reconstituted TRRAP lobe of the human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 513–913（401 aa）
链 A 2134–2529（396 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.35 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP400_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–3159； UniProt 1–3159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qri

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qri
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qri
沉积日期 deposition_date2023-10-09
结构标题 titleTRRAP and EP400 in the human Tip60 complex
关键词 keywordsEukaryotic transcription, Histone acetyltransferase, chromatin remodeling, Complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.62 Å
零角强度 I(0) i01976400000.00
分子量 molecular_weight387320.0 kDa
排除体积 excluded_volume490880 ų
包络体积 envelope_volume762990 ų
水化壳体积 shell_volume108430 ų
包络直径 envelope_diameter190.9 Å
壳层 Rg shell_rg62.63 Å
包络 Rg envelope_rg56.20 Å
形状 Rg shape_rg57.63 Å
总 Rg total_rg57.71 Å
总原子数 total_atoms55049
残基数 n_residues3380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax197.6 Å
Rg (实空间) rg_real57.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1976000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8155
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.9 Å
偏度 Skewness skewness0.308
峰度 Kurtosis kurtosis-0.481
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha158800000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)