8rck

CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 213.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–2549 未记录 Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 1 (Q13541) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–2549; UniProt 1–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–326 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 1 (Q13541) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326

Regulatory-associated protein of mTOR

Homo sapiens

UniProt Q8N122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–1335 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 1 (Q13541) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–1335; UniProt 1–1335

Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q13541

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 1–118 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 4EBP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8rck

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8rck
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8rck
沉积日期 deposition_date2023-12-06
最后修订 last_revision2024-09-11
结构标题 titleCryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy.
关键词 keywordsTarget of Rapamycin, mTOR, Cancer-associated mutants, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.03
零角强度 I(0) i02067060000.00
分子量 molecular_weight387800.0 kDa
排除体积 excluded_volume487770 ų
包络体积 envelope_volume809500 ų
水化壳体积 shell_volume102920 ų
包络直径 envelope_diameter244.9
壳层 Rg shell_rg62.17
包络 Rg envelope_rg69.74
形状 Rg shape_rg72.04
总 Rg total_rg71.75
总原子数 total_atoms54652
残基数 n_residues3405
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax213.5
Rg (实空间) rg_real71.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.41
I(0) (实空间) i0_real2.0630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2059000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8372
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.9
偏度 Skewness skewness0.484
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0088
最高正则化参数 α highest_alpha96130000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.026

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)