8rmr

Influenza polymerase A/H7N9-4M replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 200.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt M9TI86

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–716 链 D; UniProt 1–716 突变:E349K; R490I RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 2 (S5ME50) Polymerase basic protein 2 × 2 (X5F427) Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A × 1 (P39687) MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M9TI86_9INFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–716; UniProt 1–716 作者链 D; PDB构建体 1–716; UniProt 1–716

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt S5ME50

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–757 链 E; UniProt 1–757 突变:K577G Polymerase acidic protein × 2 (M9TI86) Polymerase basic protein 2 × 2 (X5F427) Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A × 1 (P39687) MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S5ME50_9INFA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–757; UniProt 1–757 作者链 E; PDB构建体 1–757; UniProt 1–757

Polymerase basic protein 2

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt X5F427

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–759 链 F; UniProt 1–759 突变:G74R Polymerase acidic protein × 2 (M9TI86) RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 2 (S5ME50) Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A × 1 (P39687) MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 X5F427_9INFA
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–759; UniProt 1–759 作者链 F; PDB构建体 1–759; UniProt 1–759

Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A

Homo sapiens

UniProt P39687

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–249 未记录 Polymerase acidic protein × 2 (M9TI86) RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 2 (S5ME50) Polymerase basic protein 2 × 2 (X5F427) MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AN32A_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 27–275; UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8rmr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8rmr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8rmr
沉积日期 deposition_date2024-01-08
最后修订 last_revision2024-09-11
结构标题 titleInfluenza polymerase A/H7N9-4M replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A
关键词 keywordsViral polymerase, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.77
零角强度 I(0) i03399540000.00
分子量 molecular_weight487920.0 kDa
排除体积 excluded_volume609910 ų
包络体积 envelope_volume898040 ų
水化壳体积 shell_volume126090 ų
包络直径 envelope_diameter198.7
壳层 Rg shell_rg62.86
包络 Rg envelope_rg56.72
形状 Rg shape_rg57.77
总 Rg total_rg57.89
总原子数 total_atoms68466
残基数 n_residues4273
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax200.8
Rg (实空间) rg_real58.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real3.4000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3399000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8643
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.5
偏度 Skewness skewness0.355
峰度 Kurtosis kurtosis-0.424
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha450000000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.848

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)