8sud

JC Polyomavirus LTA NLS bound to importin alpha 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-1

Mus musculus

UniProt P52293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–529 未记录 Large T antigen × 1 (P03072) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.85 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.01 M DTT 分辨率 2.10 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 150 个其他 PDB 条目、151 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 51–510; UniProt 70–529

Large T antigen

物种未注明

UniProt P03072

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 111–133 未记录 Importin subunit alpha-1 × 1 (P52293) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.85 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.01 M DTT 分辨率 2.10 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LT_POVJC
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–23; UniProt 111–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sud

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sud
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sud
沉积日期 deposition_date2023-05-12
结构标题 titleJC Polyomavirus LTA NLS bound to importin alpha 2
关键词 keywordsimportin, karyopherin, nuclear, nls, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.96
零角强度 I(0) i033783400.00
分子量 molecular_weight46899.0 kDa
排除体积 excluded_volume59473 ų
包络体积 envelope_volume71933 ų
水化壳体积 shell_volume23104 ų
包络直径 envelope_diameter101.8
壳层 Rg shell_rg32.91
包络 Rg envelope_rg27.94
形状 Rg shape_rg27.96
总 Rg total_rg28.48
总原子数 total_atoms6701
残基数 n_residues433
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.3
Rg (实空间) rg_real28.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real3.3780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33780000.0000
解质量估计 total_estimate0.8033
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary22.8
偏度 Skewness skewness0.523
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha11800000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.522; Smooth: 0.898

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)