8t9g

Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUZ12_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–619; UniProt 68–685 作者链 G; PDB构建体 2–619; UniProt 68–685

Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

Homo sapiens

UniProt Q15910

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EZH2_HUMAN
Isoform Q15910-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–753; UniProt 2–751 作者链 I; PDB构建体 4–753; UniProt 2–751

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 EED_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–441; UniProt 1–441 作者链 K; PDB构建体 1–441; UniProt 1–441

Histone-binding protein RBBP4

Homo sapiens

UniProt Q09028

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RBBP4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–425; UniProt 1–425 作者链 O; PDB构建体 1–425; UniProt 1–425

Zinc finger protein AEBP2

Homo sapiens

UniProt Q6ZN18

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 AEBP2_HUMAN
Isoform Q6ZN18-3
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 3–303; UniProt 1–301 作者链 Y; PDB构建体 3–303; UniProt 1–301

Histone H3.2

Xenopus laevis

UniProt P84233

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H32_XENLA
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 W; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_XENLA
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 X; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H2A1_XENLA
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 4–133; UniProt 1–130 作者链 U; PDB构建体 4–133; UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 19 DNA 2 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 (Q15910) Polycomb protein EED × 2 (O75530) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Zinc finger protein AEBP2 × 2 (Q6ZN18) Histone H3.2 × 2 (P84233) DNA (226-MER) × 1 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) DNA (226-MER) × 1 activating methylated peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H2B11_XENLA
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 2–123; UniProt 5–126 作者链 V; PDB构建体 2–123; UniProt 5–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8t9g
沉积日期 deposition_date2023-06-23
结构标题 titleAutomethylated PRC2 dimer bound to nucleosome
关键词 keywordsHistone methyl transferase, gene repression, epigenetics, chromatin, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8t9g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8t9g__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

8t9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)76.60 Å
Rg(电子密度)75.77 Å
总 Rg76.02 Å
原子数45911
残基数5027
排除体积785900 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8t9g__assembly_1__model_1 21-meric (21) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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7. 引用文献 (1)