8trl

T cell recognition of citrullinated alpha-enolase peptide presented by HLA-DR4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 142.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–206 片段:UNP residues 26-206 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain × 1 (P01911) Alpha-enolase × 1 RA2.7 TCR alpha chain × 1 RA2.7 TCR beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.234
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 26–206 片段:UNP residues 26-206 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain × 1 (P01911) Alpha-enolase × 1 RA2.7 TCR alpha chain × 1 RA2.7 TCR beta chain × 1 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 139 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–181; UniProt 26–206 作者链 D; PDB构建体 1–181; UniProt 26–206

HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain

Homo sapiens

UniProt P01911

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–219 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) Alpha-enolase × 1 RA2.7 TCR alpha chain × 1 RA2.7 TCR beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.234
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 30–219 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) Alpha-enolase × 1 RA2.7 TCR alpha chain × 1 RA2.7 TCR beta chain × 1 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–190; UniProt 30–219 作者链 E; PDB构建体 1–190; UniProt 30–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8trl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8trl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8trl
沉积日期 deposition_date2023-08-09
结构标题 titleT cell recognition of citrullinated alpha-enolase peptide presented by HLA-DR4
关键词 keywordsimmune receptor complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.91
零角强度 I(0) i0478737000.00
分子量 molecular_weight177830.0 kDa
排除体积 excluded_volume221180 ų
包络体积 envelope_volume310000 ų
水化壳体积 shell_volume61140 ų
包络直径 envelope_diameter153.1
壳层 Rg shell_rg46.51
包络 Rg envelope_rg42.79
形状 Rg shape_rg42.92
总 Rg total_rg43.04
总原子数 total_atoms12574
残基数 n_residues1607
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.9
Rg (实空间) rg_real42.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.77
I(0) (实空间) i0_real4.7870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal478800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8865
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.9
偏度 Skewness skewness0.225
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40790000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.867

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)