SAXSdb — 8xqb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Head-tail connector protein FII

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 f； UniProt 1–117 链 f1； UniProt 1–117 链 f2； UniProt 1–117 链 f3； UniProt 1–117 链 f4； UniProt 1–117 链 f5； UniProt 1–117	未记录	Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） Major capsid protein × 15 （P03713） Capsid decoration protein × 20 （P03712）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1K0H Solution structure of bacteriophage lambda gpFII 提交 2001-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.3mM gpFII U-15N, 13C; 10MM PHOSPHATE BUFFER NA, 200MM NACL \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KX4 Solution structure of Bacteriophage Lambda gpFII 提交 2010-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpFII, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–117（117 aa）链 N 1–117（117 aa）链 O 1–117（117 aa）链 P 1–117（117 aa）链 Q 1–117（117 aa）链 R 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 f 1–117（117 aa）链 f1 1–117（117 aa）链 f2 1–117（117 aa）链 f3 1–117（117 aa）链 f4 1–117（117 aa）链 f5 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 f 1–117（117 aa）链 f1 1–117（117 aa）链 f2 1–117（117 aa）链 f3 1–117（117 aa）链 f4 1–117（117 aa）链 f5 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FII_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f1； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f2； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f3； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f4； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f5； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

Head completion protein

物种未注明

UniProt P68660

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 W； UniProt 1–68 链 W1； UniProt 1–68 链 W2； UniProt 1–68 链 W3； UniProt 1–68 链 W4； UniProt 1–68 链 W5； UniProt 1–68 链 w； UniProt 1–68 链 w1； UniProt 1–68 链 w2； UniProt 1–68 链 w3； UniProt 1–68 链 w4； UniProt 1–68 链 w5； UniProt 1–68	未记录	Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） Major capsid protein × 15 （P03713） Capsid decoration protein × 20 （P03712）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HYW SOLUTION STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA GPW 提交 2001-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM gpW U-15N, 13C; 10mM phosphate buffer NA, 200mM NaCl,90% H2O,10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8K38 The structure of bacteriophage lambda portal-adaptor 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 M 1–68（68 aa）链 N 1–68（68 aa）链 O 1–68（68 aa）链 P 1–68（68 aa）链 Q 1–68（68 aa）链 R 1–68（68 aa）链 S 1–68（68 aa）链 T 1–68（68 aa）链 U 1–68（68 aa）链 V 1–68（68 aa）链 W 1–68（68 aa）链 X 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 W 1–68（68 aa）链 W1 1–68（68 aa）链 W2 1–68（68 aa）链 W3 1–68（68 aa）链 W4 1–68（68 aa）链 W5 1–68（68 aa）链 w 1–68（68 aa）链 w1 1–68（68 aa）链 w2 1–68（68 aa）链 w3 1–68（68 aa）链 w4 1–68（68 aa）链 w5 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 W 1–68（68 aa）链 W1 1–68（68 aa）链 W2 1–68（68 aa）链 W3 1–68（68 aa）链 W4 1–68（68 aa）链 W5 1–68（68 aa）链 w 1–68（68 aa）链 w1 1–68（68 aa）链 w2 1–68（68 aa）链 w3 1–68（68 aa）链 w4 1–68（68 aa）链 w5 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

Tail tube terminator protein

物种未注明

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 1–131 链 U1； UniProt 1–131 链 U2； UniProt 1–131 链 U3； UniProt 1–131 链 U4； UniProt 1–131 链 U5； UniProt 1–131	未记录	Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Portal protein B × 12 （P03710） Major capsid protein × 15 （P03713） Capsid decoration protein × 20 （P03712）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z1Z NMR structure of the gpu tail protein from lambda bacteriophage 提交 2005-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1 NMR样品组成 0.9 mM gpU, U-15N,13C, 10 mM Tris-d11, pH 7.8, 50 mM potassium chloride, 0.02% sodium azide, 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
8IYD Tail cap of phage lambda tail 提交 2023-04-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 G 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）链 Q 1–131（131 aa）链 U 1–131（131 aa）链 W 1–131（131 aa）链 u 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTTP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U1； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U2； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U3； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U4； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U5； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Portal protein B

物种未注明

UniProt P03710

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–533 链 B1； UniProt 1–533 链 B2； UniProt 1–533 链 B3； UniProt 1–533 链 B4； UniProt 1–533 链 B5； UniProt 1–533 链 b； UniProt 1–533 链 b1； UniProt 1–533 链 b2； UniProt 1–533 链 b3； UniProt 1–533 链 b4； UniProt 1–533 链 b5； UniProt 1–533	未记录	Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Major capsid protein × 15 （P03713） Capsid decoration protein × 20 （P03712）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8K38 The structure of bacteriophage lambda portal-adaptor 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–533（533 aa）链 B 1–533（533 aa）链 C 1–533（533 aa）链 D 1–533（533 aa）链 E 1–533（533 aa）链 F 1–533（533 aa）链 G 1–533（533 aa）链 H 1–533（533 aa）链 I 1–533（533 aa）链 J 1–533（533 aa）链 K 1–533（533 aa）链 L 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8K39 Structure of the bacteriophage lambda portal vertex 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 U 1–533（533 aa）链 V 1–533（533 aa）链 W 1–533（533 aa）链 X 1–533（533 aa）链 Y 1–533（533 aa）链 Z 1–533（533 aa）链 a 1–533（533 aa）链 b 1–533（533 aa）链 c 1–533（533 aa）链 d 1–533（533 aa）链 e 1–533（533 aa）链 f 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8XOT Prohead portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 1–533（533 aa）链 B1 1–533（533 aa）链 B2 1–533（533 aa）链 B3 1–533（533 aa）链 B4 1–533（533 aa）链 B5 1–533（533 aa）链 b 1–533（533 aa）链 b1 1–533（533 aa）链 b2 1–533（533 aa）链 b3 1–533（533 aa）链 b4 1–533（533 aa）链 b5 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.51 Å
8XOU Prohead portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 B 1–533（533 aa）链 B1 1–533（533 aa）链 B2 1–533（533 aa）链 B3 1–533（533 aa）链 B4 1–533（533 aa）链 B5 1–533（533 aa）链 b 1–533（533 aa）链 b1 1–533（533 aa）链 b2 1–533（533 aa）链 b3 1–533（533 aa）链 b4 1–533（533 aa）链 b5 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.58 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 B 1–533（533 aa）链 B1 1–533（533 aa）链 B2 1–533（533 aa）链 B3 1–533（533 aa）链 B4 1–533（533 aa）链 B5 1–533（533 aa）链 b 1–533（533 aa）链 b1 1–533（533 aa）链 b2 1–533（533 aa）链 b3 1–533（533 aa）链 b4 1–533（533 aa）链 b5 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 B 1–533（533 aa）链 B1 1–533（533 aa）链 B2 1–533（533 aa）链 B3 1–533（533 aa）链 B4 1–533（533 aa）链 B5 1–533（533 aa）链 b 1–533（533 aa）链 b1 1–533（533 aa）链 b2 1–533（533 aa）链 b3 1–533（533 aa）链 b4 1–533（533 aa）链 b5 1–533（533 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533

Major capsid protein

物种未注明

UniProt P03713

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 A0； UniProt 1–341 链 A1； UniProt 1–341 链 A2； UniProt 1–341 链 A3； UniProt 1–341 链 A4； UniProt 1–341 链 C0； UniProt 1–341 链 C1； UniProt 1–341 链 C2； UniProt 1–341 链 C3； UniProt 1–341 链 C4； UniProt 1–341 链 G0； UniProt 1–341 链 G1； UniProt 1–341 链 G2； UniProt 1–341 链 G3； UniProt 1–341 链 G4； UniProt 1–341	未记录	Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） Capsid decoration protein × 20 （P03712）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7SJ5 Bacteriophage lambda major capsid protein mutant - W308A 提交 2021-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）	突变：W308A 突变：W308A 突变：W308A 突变：W308A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291.15 K；0.1 M bis-tris, 0.1 M ammonium sulfate, 5% v/v glycerol, 30% v/v PEG-3350	分辨率 2.69 Å R-free 0.230
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 420 PDB 声明：420-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VIA Focused refinement of asymmetric unit of bacteriophage lambda procapsid at 3.88 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.88 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.76 Å
8K39 Structure of the bacteriophage lambda portal vertex 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 0 1–341（341 aa）链 1 1–341（341 aa）链 2 1–341（341 aa）链 3 1–341（341 aa）链 4 1–341（341 aa）链 5 1–341（341 aa）链 6 1–341（341 aa）链 7 1–341（341 aa）链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）链 H 1–341（341 aa）链 I 1–341（341 aa）链 J 1–341（341 aa）链 K 1–341（341 aa）链 L 1–341（341 aa）链 M 1–341（341 aa）链 N 1–341（341 aa）链 O 1–341（341 aa）链 P 1–341（341 aa）链 Q 1–341（341 aa）链 R 1–341（341 aa）链 S 1–341（341 aa）链 T 1–341（341 aa）链 g 1–341（341 aa）链 h 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8XOU Prohead portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A0 1–341（341 aa）链 A1 1–341（341 aa）链 A2 1–341（341 aa）链 A3 1–341（341 aa）链 A4 1–341（341 aa）链 C0 1–341（341 aa）链 C1 1–341（341 aa）链 C2 1–341（341 aa）链 C3 1–341（341 aa）链 C4 1–341（341 aa）链 D0 1–341（341 aa）链 D1 1–341（341 aa）链 D2 1–341（341 aa）链 D3 1–341（341 aa）链 D4 1–341（341 aa）链 E0 1–341（341 aa）链 E1 1–341（341 aa）链 E2 1–341（341 aa）链 E3 1–341（341 aa）链 E4 1–341（341 aa）链 F0 1–341（341 aa）链 F1 1–341（341 aa）链 F2 1–341（341 aa）链 F3 1–341（341 aa）链 F4 1–341（341 aa）链 G0 1–341（341 aa）链 G1 1–341（341 aa）链 G2 1–341（341 aa）链 G3 1–341（341 aa）链 G4 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.58 Å

共 7 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

Capsid decoration protein

物种未注明

UniProt P03712

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71）与蛋白拷贝数一致	链 H0； UniProt 1–110 链 H1； UniProt 1–110 链 H2； UniProt 1–110 链 H3； UniProt 1–110 链 H4； UniProt 1–110 链 I0； UniProt 1–110 链 I1； UniProt 1–110 链 I2； UniProt 1–110 链 I3； UniProt 1–110 链 I4； UniProt 1–110 链 J0； UniProt 1–110 链 J1； UniProt 1–110 链 J2； UniProt 1–110 链 J3； UniProt 1–110 链 J4； UniProt 1–110 链 N0； UniProt 1–110 链 N1； UniProt 1–110 链 N2； UniProt 1–110 链 N3； UniProt 1–110 链 N4； UniProt 1–110	未记录	Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） Major capsid protein × 15 （P03713）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C5E BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D 提交 1999-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 16–110（95 aa）链 B 16–110（95 aa）链 C 16–110（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；28% PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 10 % GLYCEROL	分辨率 1.10 Å R-free 0.133
1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 B 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 C 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 E 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 F 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
1VD0 Capsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures 提交 2004-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–110（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.3mm 15N labelled GPD, 20mm sodium phosphate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.3mm GPD, 50mm sodium phosphate \| 100% D2O	分辨率未提供
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.76 Å

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DECO_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H0； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 H1； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 H2； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 H3； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 H4； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 I0； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 I1； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 I2； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 I3； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 I4； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 J0； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 J1； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 J2； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 J3； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 J4； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 N0； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 N1； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 N2； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 N3； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 N4； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xqb
沉积日期 deposition_date	2024-01-05
结构标题 title	Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda
关键词 keywords	caudovirales, siphoviridae, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, phage lambda, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	85.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	85.40 Å
零角强度 I(0) i0	41003400000.00
分子量 molecular_weight	1683600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2087400 Å³
包络体积 envelope_volume	3303200 Å³
水化壳体积 shell_volume	305220 Å³
包络直径 envelope_diameter	311.0 Å
壳层 Rg shell_rg	92.07 Å
包络 Rg envelope_rg	86.23 Å
形状 Rg shape_rg	85.40 Å
总 Rg total_rg	85.45 Å
总原子数 total_atoms	118454
残基数 n_residues	15222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.1 Å
Rg (实空间) rg_real	82.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9070e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0870e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	86.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41080000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9097
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	99.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9452
最高正则化参数 α highest_alpha	4697000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Head-tail connector protein FII
分子量 formula_weight	12775.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,f1,f2,f3,f4,f5
原子数 atom_count	118514

MADFDNLFDAAIARADETIRGYMGTSATITSGEQSGAVIRGVFDDPENISYAGQGVRVEGSSPSLFVRTDEVRQLRRGDTLTIGEENFWVDRVSPDDGGSCHLWLGRGVPPAVNRRR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Head completion protein
分子量 formula_weight	7625.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w,W1,w1,W2,w2,W3,w3,W4,w4,W5,w5

MTRQEELAAARAALHDLMTGKRVATVQKDGRRVEFTATSVSDLKKYIAELEVQTGMTQRRRGPAGFYV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tail tube terminator protein
分子量 formula_weight	14659.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,U1,U2,U3,U4,U5

MKHTELRAAVLDALEKHDTGATFFDGRPAVFDEADFPAVAVYLTGAEYTGEELDSDTWQAELHIEVFLPAQVPDSELDAWMESRIYPVMSDIPALSDLITSMVASGYDYRRDDDAGLWSSADLTYVITYEM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Portal protein B
分子量 formula_weight	59529.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b,B1,b1,B2,b2,B3,b3,B4,b4,B5,b5

MKTPTIPTLLGPDGMTSLREYAGYHGGGSGFGGQLRSWNPPSESVDAALLPNFTRGNARADDLVRNNGYAANAIQLHQDHIVGSFFRLSHRPSWRYLGIGEEEARAFSREVEAAWKEFAEDDCCCIDVERKRTFTMMIREGVAMHAFNGELFVQATWDTSSSRLFRTQFRMVSPKRISNPNNTGDSRNCRAGVQINDSGAALGYYVSEDGYPGWMPQKWTWIPRELPGGRASFIHVFEPVEDGQTRGANVFYSVMEQMKMLDTLQNTQLQSAIVKAMYAATIESELDTQSAMDFILGANSQEQRERLTGWIGEIAAYYAAAPVRLGGAKVPHLMPGDSLNLQTAQDTDNGYSVFEQSLLRYIAAGLGVSYEQLSRNYAQMSYSTARASANESWAYFMGRRKFVASRQASQMFLCWLEEAIVRRVVTLPSKARFSFQEARSAWGNCDWIGSGRMAIDGLKEVQEAVMLIEAGLSTYEKECAKRGDDYQEIFAQQVRETMERRAAGLKPPAWAAAAFESGLRQSTEEEKSDSRAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	38229.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A0,G0,C0,A1,G1,C1,A2,G2,C2,A3,G3,C3,A4,G4,C4

MSMYTTAQLLAANEQKFKFDPLFLRLFFRESYPFTTEKVYLSQIPGLVNMALYVSPIVSGEVIRSRGGSTSEFTPGYVKPKHEVNPQMTLRRLPDEDPQNLADPAYRRRRIIMQNMRDEELAIAQVEEMQAVSAVLKGKYTMTGEAFDPVEVDMGRSEENNITQSGGTEWSKRDKSTYDPTDDIEAYALNASGVVNIIVFDPKGWALFRSFKAVKEKLDTRRGSNSELETAVKDLGKAVSYKGMYGDVAIVVYSGQYVENGVKKNFLPDNTMVLGNTQARGLRTYGCIQDADAQREGINASARYPKNWVTTGDPAREFTMIQSAPLMLLADPDEFVSVQLA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Capsid decoration protein
分子量 formula_weight	11582.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H0,I0,J0,N0,H1,I1,J1,N1,H2,I2,J2,N2,H3,I3,J3,N3,H4,I4,J4,N4

MTSKETFTHYQPQGNSDPAHTATAPGGLSAKAPAMTPLMLDTSSRKLVAWDGTTDGAAVGILAVAADQTSTTLTFYKSGTFRYEDVLWPEAASDETKKRTAFAGTAISIV

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	9851

fit	/app/data/saxs_computation/xq/8xqb/8xqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xq/8xqb/8xqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xq/8xqb/8xqb.dat

Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Head-tail connector protein FII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Head completion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tail tube terminator protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Portal protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid decoration protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)