8y2b

X-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex with 20% glycerol using a high-pressure cryocooling method

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptavidin

物种未注明

UniProt P22629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–159 链 B; UniProt 39–159 链 C; UniProt 39–159 链 D; UniProt 39–159 未记录 MT6 methyl 3-(4-oxo-4,5-dihydrofuro[3,2-c]pyridin-2-yl)benzoate × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000 分辨率 1.50 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 312 个其他 PDB 条目、368 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAV_STRAV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–121; UniProt 39–159 作者链 B; PDB构建体 1–121; UniProt 39–159 作者链 C; PDB构建体 1–121; UniProt 39–159 作者链 D; PDB构建体 1–121; UniProt 39–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y2b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y2b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y2b
沉积日期 deposition_date2024-01-25
最后修订 last_revision2025-01-29
结构标题 titleX-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex with 20% glycerol using a high-pressure cryocooling method
关键词 keywordsstreptavidin, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.59
零角强度 I(0) i046090800.00
分子量 molecular_weight51186.0 kDa
排除体积 excluded_volume63250 ų
包络体积 envelope_volume74066 ų
水化壳体积 shell_volume27435 ų
包络直径 envelope_diameter67.7
壳层 Rg shell_rg29.20
包络 Rg envelope_rg21.85
形状 Rg shape_rg21.55
总 Rg total_rg22.56
总原子数 total_atoms3629
残基数 n_residues477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.4
Rg (实空间) rg_real22.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real4.6090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46090000.0000
解质量估计 total_estimate0.9088
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.086
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11780000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)