8yh3

A3R-Gi complex bound to m6A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 131.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus rattus

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera × 1 (P03435,W5QED6,A0A5P9VSM6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera × 2 (P59768,P63097) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera

human respiratory syncytial virus

UniProt A0A5P9VSM6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–239 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera × 2 (P59768,P63097) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5P9VSM6_HRSV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 544–781; UniProt 2–239

Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera

human respiratory syncytial virus

UniProt P03435

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–16 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera × 2 (P59768,P63097) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_I75A3
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–16; UniProt 1–16

Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera

human respiratory syncytial virus

UniProt W5QED6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–317 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera × 2 (P59768,P63097) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W5QED6_SHEEP
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 27–342; UniProt 2–317

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera

Bos taurus

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–71 链 G; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera × 1 (P03435,W5QED6,A0A5P9VSM6) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera

Bos taurus

UniProt P63097

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–354 链 G; UniProt 3–354 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera × 1 (P03435,W5QED6,A0A5P9VSM6) scfv16 × 1 6MD N-methyladenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 82–433; UniProt 3–354 作者链 G; PDB构建体 82–433; UniProt 3–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8yh3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8yh3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8yh3
沉积日期 deposition_date2024-02-27
结构标题 titleA3R-Gi complex bound to m6A
关键词 keywordsGPCR, adenosine receptor, adenosine, G protein, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.00
零角强度 I(0) i0225382000.00
分子量 molecular_weight123780.0 kDa
排除体积 excluded_volume155880 ų
包络体积 envelope_volume201910 ų
水化壳体积 shell_volume46630 ų
包络直径 envelope_diameter125.9
壳层 Rg shell_rg41.65
包络 Rg envelope_rg37.03
形状 Rg shape_rg36.97
总 Rg total_rg37.40
总原子数 total_atoms8691
残基数 n_residues1103
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.7
Rg (实空间) rg_real37.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21
I(0) (实空间) i0_real2.2540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal225400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7944
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.9
偏度 Skewness skewness0.200
峰度 Kurtosis kurtosis-0.612
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha40090000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)