9cad

Cryo-EM structure of the TRRAP lobe of the native human TIP60 complex (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 204.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1A-binding protein p400

物种未注明

UniProt Q96L91

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–3159 未记录 Isoform 2 of Transformation/transcription domain-associated protein × 1 (Q9Y4A5) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP400_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–3159; UniProt 1–3159

Isoform 2 of Transformation/transcription domain-associated protein

物种未注明

UniProt Q9Y4A5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–3830 未记录 E1A-binding protein p400 × 1 (Q96L91) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRRAP_HUMAN
Isoform Q9Y4A5-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–3830; UniProt 1–3830

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cad

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cad
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cad
沉积日期 deposition_date2024-06-17
结构标题 titleCryo-EM structure of the TRRAP lobe of the native human TIP60 complex (composite structure)
关键词 keywordshistone acetyltransferase, chromatin regulator, transcription regulation, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.74
零角强度 I(0) i02425640000.00
分子量 molecular_weight426040.0 kDa
排除体积 excluded_volume538270 ų
包络体积 envelope_volume806990 ų
水化壳体积 shell_volume112010 ų
包络直径 envelope_diameter203.6
壳层 Rg shell_rg64.48
包络 Rg envelope_rg57.18
形状 Rg shape_rg58.76
总 Rg total_rg58.80
总原子数 total_atoms29915
残基数 n_residues3723
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax204.9
Rg (实空间) rg_real58.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.09
I(0) (实空间) i0_real2.4260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2425000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8719
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.3
偏度 Skewness skewness0.326
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha202100000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.806

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)