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9e96

WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 210.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural polyprotein

Western equine encephalitis virus

UniProt Q1W679

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 798–1236 链 B； UniProt 330–737 链 F； UniProt 798–1236 链 G； UniProt 330–737 链 J； UniProt 798–1236 链 K； UniProt 330–737 链 N； UniProt 798–1236 链 O； UniProt 330–737 未记录 Capsid protein × 4 （P13897） Protocadherin-10 × 4 （Q9P2E7） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E96 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8DAN CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 798–1235（438 aa）
链 B 321–735（415 aa）
链 D 798–1235（438 aa）
链 E 321–735（415 aa）
链 G 798–1235（438 aa）
链 H 321–735（415 aa）
链 J 798–1235（438 aa）
链 K 321–735（415 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.74 Å
8DAQ CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 798–1235（438 aa）
链 B 321–735（415 aa）
链 C 798–1235（438 aa）
链 D 321–735（415 aa）
链 E 798–1235（438 aa）
链 F 321–735（415 aa）
链 G 798–1235（438 aa）
链 H 321–735（415 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.35 Å
8SQN CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the chimeric Du-D1-Mo-D2 MXRA8 receptor 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 798–1235（438 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 D 321–735（415 aa） 片段：UNP residues 321-735
链 F 798–1235（438 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 H 321–735（415 aa） 片段：UNP residues 321-735
链 J 798–1235（438 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 L 321–735（415 aa） 片段：UNP residues 321-735
链 N 798–1235（438 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 P 321–735（415 aa） 片段：UNP residues 321-735
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.89 Å
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 B 320–722（403 aa）
链 E 320–722（403 aa）
链 H 320–722（403 aa）
链 K 320–722（403 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DQX Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 B 320–725（406 aa）
链 D 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 E 320–725（406 aa）
链 G 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 H 320–725（406 aa）
链 J 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 K 320–725（406 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q1W679_WEEV
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–439； UniProt 798–1236 作者链 F； PDB构建体 1–439； UniProt 798–1236 作者链 J； PDB构建体 1–439； UniProt 798–1236 作者链 N； PDB构建体 1–439； UniProt 798–1236 作者链 B； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 G； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 K； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 O； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737

Capsid protein

Western equine encephalitis virus

UniProt P13897

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 107–259 链 I； UniProt 107–259 链 M； UniProt 107–259 链 R； UniProt 107–259 未记录 Structural polyprotein × 4 （Q1W679） Structural polyprotein × 4 （Q1W679） Protocadherin-10 × 4 （Q9P2E7） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E96 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8DED Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW19 fab 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8DEE Asymmetric Unit of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 E 1–259（259 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 I 1–259（259 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
链 M 1–259（259 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 320–737（418 aa）
链 R 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8DEF Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW24 fab 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 320–737（418 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 320–737（418 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8DUL Cryo-EM Structure of Antibody SKT05 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles) 提交 2022-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 738–1226（489 aa）
链 B 330–737（408 aa）
链 F 738–1226（489 aa）
链 G 330–737（408 aa）
链 J 738–1226（489 aa）
链 K 330–737（408 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.17 Å
8DUN Cryo-EM Structure of Antibody SKW11 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles) 提交 2022-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 738–1226（489 aa）
链 B 330–737（408 aa）
链 F 738–1226（489 aa）
链 G 330–737（408 aa）
链 J 738–1226（489 aa）
链 K 330–737（408 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.84 Å
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 C 97–259（163 aa）
链 F 97–259（163 aa）
链 I 97–259（163 aa）
链 L 97–259（163 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DQX Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 C 97–259（163 aa）
链 F 97–259（163 aa）
链 I 97–259（163 aa）
链 L 97–259（163 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9DQY Structure of western equine encephalitis virus Imperial 181 VLP in complex with house sparrow PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 798–1231（434 aa）
链 C 798–1231（434 aa）
链 E 798–1231（434 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DQZ Structure of western equine encephalitis virus McMillan VLP in complex with human VLDLR 提交 2024-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 C 102–259（158 aa）
链 F 102–259（158 aa）
链 I 102–259（158 aa）
链 L 102–259（158 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E9Y WEEV McMillan VLP in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 798–1236（439 aa）
链 C 798–1236（439 aa）
链 E 107–259（153 aa）
链 F 107–259（153 aa）
链 G 798–1236（439 aa）
链 I 107–259（153 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 L 107–259（153 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
9E9Z SINV-WEEV Fleming in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 E 107–259（153 aa）
链 F 107–259（153 aa）
链 I 107–259（153 aa）
链 L 107–259（153 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9L99 Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA1-2 提交 2024-12-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 798–1208（411 aa）
链 B 321–689（369 aa）
链 G 798–1208（411 aa）
链 H 321–689（369 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9L9A Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA2-3 提交 2024-12-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 798–1208（411 aa）
链 B 321–689（369 aa）
链 G 798–1208（411 aa）
链 H 321–689（369 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9UIH CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 C 798–1236（439 aa）
链 D 320–737（418 aa）
链 E 798–1236（439 aa）
链 F 320–737（418 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UIO CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP in complex with VLDLR-LA1-3 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 C 798–1236（439 aa）
链 D 320–737（418 aa）
链 E 798–1236（439 aa）
链 F 320–737（418 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9WSL CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP in complex with VLDLR-LBD 提交 2025-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 320–737（418 aa）
链 C 798–1236（439 aa）
链 D 320–737（418 aa）
链 E 798–1236（439 aa）
链 F 320–737（418 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLS_WEEV
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–153； UniProt 107–259 作者链 I； PDB构建体 1–153； UniProt 107–259 作者链 M； PDB构建体 1–153； UniProt 107–259 作者链 R； PDB构建体 1–153； UniProt 107–259

Protocadherin-10

Homo sapiens

UniProt Q9P2E7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 19–122 链 L； UniProt 19–122 链 P； UniProt 19–122 链 Q； UniProt 19–122 未记录 Structural polyprotein × 4 （Q1W679） Structural polyprotein × 4 （Q1W679） Capsid protein × 4 （P13897） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E96 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VFQ Crystal structure of monomeric human protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–455（438 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；296 K；14% PEG 400 (v/v), 0.1M sodium acetate pH 4.6, 0.1M CaCl2, with 30% ethylene glycol (v/v) added as cryoprotectant
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–455（438 aa）
链 C 18–455（438 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–455（438 aa）
链 D 18–455（438 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 18–455（438 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
6VG4 Human protocadherin 10 ectodomain 提交 2020-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–680（663 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 15 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；0.22M CaCl2, 0.1M Na Acetate pH 5.0 with 30% (v/v) glycerol as cryoprotectant and glutaraldehyde (0.5% v/v) added to the reservoir after crystal formation to aid crystal stability by cross-linking
分辨率 3.30 Å R-free 0.284
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 M 19–121（103 aa）
链 N 19–121（103 aa）
链 O 19–121（103 aa）
链 P 19–121（103 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9L1N Structure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 M 19–113（95 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9L41 Structure of WEEV strain 71V1658 virus-like particles (VLPs) in complex with human PCDH10 extracellular cadherin repeats 1-2 (EC1-EC2)(3-fold region) 提交 2024-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 R 19–114（96 aa）
链 S 19–114（96 aa）
链 T 19–114（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCD10_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–104； UniProt 19–122 作者链 L； PDB构建体 1–104； UniProt 19–122 作者链 P； PDB构建体 1–104； UniProt 19–122 作者链 Q； PDB构建体 1–104； UniProt 19–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e96

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e96
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e96
沉积日期 deposition_date2024-11-07
结构标题 titleWEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1
关键词 keywordsAlphavirus Receptor, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier65.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.18 Å
零角强度 I(0) i03296130000.00
分子量 molecular_weight482690.0 kDa
排除体积 excluded_volume603290 ų
包络体积 envelope_volume1051200 ų
水化壳体积 shell_volume134290 ų
包络直径 envelope_diameter211.2 Å
壳层 Rg shell_rg68.51 Å
包络 Rg envelope_rg62.13 Å
形状 Rg shape_rg65.15 Å
总 Rg total_rg65.38 Å
总原子数 total_atoms33952
残基数 n_residues4400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.5 Å
Rg (实空间) rg_real65.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3299000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8333
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary78.9 Å
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.631
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha158300000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)