9eij

Import stalled PINK1 TOM complex, extended TOM20 helix class

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TOM20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145

Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2

物种未注明

UniProt P45880

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VDAC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294 作者链 F； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294

Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

物种未注明

UniProt O96008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TOM40_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 J； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

物种未注明

UniProt Q8N4H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TOM5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51 作者链 L； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51 作者链 Z； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51

Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

物种未注明

UniProt Q9P0U1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TOM7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 X； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

物种未注明

UniProt Q96B49

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TOM6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74 作者链 V； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

物种未注明

UniProt Q9NS69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 （Q9BXM7） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOM22_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 T； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9BXM7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog × 1 （Q15388） Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 × 2 （P45880） Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 （O96008） Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 3 （Q8N4H5） Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 （Q9P0U1） Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 （Q96B49） Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 （Q9NS69） 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PINK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–581； UniProt 1–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eij
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	Import stalled PINK1 TOM complex, extended TOM20 helix class
关键词 keywords	PINK1, TOM complex, VDAC, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9eij__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9eij__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9eij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.52 Å
Rg（电子密度）	49.35 Å
总 Rg	49.41 Å
原子数	16970
残基数	2121
排除体积	306730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9eij__assembly_1__model_1`	15-meric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
分子量 formula_weight	16319.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	16970

MVGRNSAIAAGVCGALFIGYCIYFDRKRRSDPNFKNRLRERRKKQKLAKERAGLSKLPDLKDAEAVQKFFLEEIQLGEELLAQGEYEKGVDHLTNAIAVCGQPQQLLQVLQQTLPPPVFQMLLTKLPTISQRIVSAQSLAEDDVE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2
分子量 formula_weight	31600.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子量 formula_weight	37926.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MGNVLAASSPPAGPPPPPAPALVGLPPPPPSPPGFTLPPLGGSLGAGTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVNKGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIHQLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSITPCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGVEFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLNHRKNKFQCGFGLTIG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子量 formula_weight	6045.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,Z

MFRIEGLAPKLDPEEMKRKMREDVISSIRNFLIYVALLRVTPFILKKLDSI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子量 formula_weight	6256.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,X

MVKLSKEAKQRLQQLFKGSQFAIRWGFIPLVIYLGFKRGADPGMPEPTVLSLLWG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子量 formula_weight	8008.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,V

MASSTVPVSAAGSANETPEIPDNVGDWLRGVYRFATDRNDFRRNLILNLGLFAAGVWLARNLSDIDLMAPQPGV

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子量 formula_weight	15532.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,T

MAAAVAAAGAGEPQSPDELLPKGDAEKPEEELEEDDDEELDETLSERLWGLTEMFPERVRSAAGATFDLSLFVAQKMYRFSRAALWIGTTSFMILVLPVVFETEKLQMEQQQQLQQRQILLGPNTGLSGGMPGALPSLPGKI

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
分子量 formula_weight	65561.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAVRQALGRGLQLGRALLLRFTGKPGRAYGLGRPGPAAGCVRGERPGWAAGPGAEPRRVGLGLPNRLRFFRQSVAGLAARLQRQFVVRAWGCAGPCGRAVFLAFGLGLGLIEEKQAESRRAVSACQEIQAIFTQKSKPGPDPLDTRRLQGFRLEEYLIGQSIGKGCSAAVYEATMPTLPQNLEVTKSTGLLPGRGPGTSAPGEGQERAPGAPAFPLAIKMMWNISAGSSSEAILNTMSQELVPASRVALAGEYGAVTYRKSKRGPKQLAPHPNIIRVLRAFTSSVPLLPGALVDYPDVLPSRLHPEGLGHGRTLFLVMKNYPCTLRQYLCVNTPSPRLAAMMLLQLLEGVDHLVQQGIAHRDLKSDNILVELDPDGCPWLVIADFGCCLADESIGLQLPFSSWYVDRGGNGCLMAPEVSTARPGPRAVIDYSKADAWAVGAIAYEIFGLVNPFYGQGKAHLESRSYQEAQLPALPESVPPDVRQLVRALLQREASKRPSARVAANVLHLSLWGEHILALKNLKLDKMVGWLLQQSAATLLANRLTEKCCVETKMKMLFLANLECETLCQAALLLCSWRAALDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	165000

Import stalled PINK1 TOM complex, extended TOM20 helix class

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9eij__assembly_1__model_1

9eij__assembly_1__model_1 | I(q)

9eij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer