9f9n

Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_005).

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 128.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large T antigen

Betapolyomavirus macacae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 266–627 链 B； UniProt 266–627 链 C； UniProt 266–627 链 D； UniProt 266–627 链 E； UniProt 266–627 链 F； UniProt 266–627	未记录	Chains: S × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9F9N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EJL MOUSE IMPORTIN ALPHA-SV40 LARGE T ANTIGEN NLS PEPTIDE COMPLEX 提交 2000-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 126–132（7 aa）片段：NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) MONOPARTITE PEPTIDE, RESIDUES 126-132 链 B 126–132（7 aa）片段：NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) MONOPARTITE PEPTIDE, RESIDUES 126-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, Hepes, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.254
1GH6 RETINOBLASTOMA POCKET COMPLEXED WITH SV40 LARGE T ANTIGEN 提交 2000-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–117（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 3.20 Å R-free 0.314
1N25 Crystal structure of the SV40 Large T antigen helicase domain 提交 2002-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 260–627（368 aa）片段：helicase domain 链 B 260–627（368 aa）片段：helicase domain	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；glycerol, DTT, Hepes, NaCl, EtOH, EDTA, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
1Q1S Mouse Importin alpha- phosphorylated SV40 CN peptide complex 提交 2003-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 110–133（24 aa）片段：CN peptide - Ser112 chemically phosphorylated 链 B 110–133（24 aa）片段：CN peptide - Ser112 chemically phosphorylated 链 C 70–529（460 aa）片段：NLS binding domain (70-529)	突变：S120A, S123A, T124A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S120A, S123A, T124A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1Q1T Mouse Importin alpha: non-phosphorylated SV40 CN peptide complex 提交 2003-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 110–133（24 aa）片段：CN peptide 链 B 110–133（24 aa）片段：CN peptide 链 C 70–529（460 aa）片段：NLS binding domain (70-529)	突变：S120A, S123A, T124A 突变：S120A, S123A, T124A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1SVL Co-crystal structure of SV40 large T antigen helicase domain and ADP 提交 2004-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 B 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 C 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；277 K；Tris, magnesium chloride, PEG 8000, DTT, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.264
1SVM Co-crystal structure of SV40 large T antigen helicase domain and ATP 提交 2004-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 B 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 C 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 D 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 E 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 F 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；277 K；Tris, magnesium chloride, PEG 8000, DTT, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.94 Å R-free 0.241
1SVO Structure of SV40 large T antigen helicase domain 提交 2004-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN 链 B 251–627（377 aa）片段：HELICASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；HEPES, NACL, ETHANOL, EDTA, DTT, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1TBD SOLUTION STRUCTURE OF THE ORIGIN DNA BINDING DOMAIN OF SV40 T-ANTIGEN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–260（130 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；303 K	分辨率未提供
1Z1D Structural Model for the interaction between RPA32 C-terminal domain and SV40 T antigen origin binding domain. 提交 2005-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 131–259（129 aa）片段：SV40 T antigen Origin binding domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03 M；压力 ambient NMR样品组成 0.2mM RPA32C U-15N, 0.6mM Tag-OBD, 20mM Tris buffer pH 7.0, 2 mM DTT, 5mM MgCl2, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2mM Tag-OBD U-15N, 0.6mM RPA32C, 20mM Tris buffer pH 7.0, 2mM DTT, 5mM MgCl2, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2FUF Crystal structure of the SV40 large T antigen origin-binding domain 提交 2006-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 131–260（130 aa）片段：DNA binding domain (residues 131-259)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FLC CITRATE ANION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；1.6 M Sodium citrate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
2IF9 Crystal Structure of SV40 T-antigen origin binding domain disulfide-linked dimer 提交 2006-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–260（130 aa）片段：origin binding domain 链 B 131–260（130 aa）片段：origin binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30 % peg 4000, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.59 Å R-free 0.296
2IPR Origin binding domain of the SV40 large T antigen (residues 131-259). P21 crystal form 提交 2006-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259) 链 B 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；300 K；20 mM NaSCN, 10% P4K, 0.1 Tris, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.50 Å R-free 0.204
2ITJ Origin binding domain of the SV40 large T antigen (residues 131-259). P212121 crystal form 提交 2006-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259) 链 B 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM NaAc, 20% PEG4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ITL The origin binding domain of the SV40 large T antigen bound to the functional pen palindrome DNA (23 bp) 提交 2006-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259) 链 B 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20% PEG 3000, and 10 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.65 Å R-free 0.251
2NL8 The origin binding domain of the SV40 large T antigen bound non specifically to a 17 bp palindrome DNA (sites 1 and 3) 提交 2006-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–259（129 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259)	突变：CYS216SER	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM NaAcetate, 20% PEG 3000 + 4% PEG 600, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.299
2NTC Crystal Structure of sv40 large T antigen origin binding domain with DNA 提交 2006-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–260（130 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259) 链 B 131–260（130 aa）片段：Origin binding domain (residues 131-259)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；273 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.1 M calcium acetate, 30 % v/v peg 8000, 20 % glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.287
2TBD SV40 T ANTIGEN DNA-BINDING DOMAIN, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–260（130 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 131 - 260	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；303 K	分辨率未提供
3QK2 Structure-Based Analysis of the Interaction between the Simian Virus 40 T-Antigen Origin Binding Domain and Single-Stranded DNA 提交 2011-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–260（130 aa）片段：origin binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；278 K；0.2 M thiocyanate [SCN], 17.5% PEG 3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K	分辨率 1.64 Å R-free 0.187
3QN2 Structure-based design of a disulfide-linked oligomeric form of the Simian Virus 40 (SV40) large T antigen DNA binding domain 提交 2011-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–260（130 aa）片段：origin binding domain	突变：F151C, C216A, D256C	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.66 Å R-free 0.191
4FGN Crystal structure of the SV40 large T-antigen origin bining domain bound to Site I DNA 提交 2012-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–260（130 aa）片段：origin binding domain, UNP residues 131-260 链 B 131–260（130 aa）片段：origin binding domain, UNP residues 131-260	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1M sodium acetate pH 4.6, .2M ammonium sulfate, 30 % Peg 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
4RXH Crystal Structure of Importin-alpha from Neurospora crassa complexed with SV40NLS 提交 2014-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 125–132（8 aa）链 C 125–132（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；20 Mm Bicine pH 8.5, 20%(w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.76 Å R-free 0.211
5D9I SV40 Large T antigen origin binding domain bound to artificial DNA fork 提交 2015-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–260（130 aa）片段：unp residues 131-260 链 B 131–260（130 aa）片段：unp residues 131-260	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM Tris, 300 mM NH4Cl, 28% polyethylene glycol [PEG] 4000, 20 mM CaCl2	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
9EVH SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ADP 提交 2024-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–708（708 aa）链 B 1–708（708 aa）链 C 1–708（708 aa）链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）链 F 1–708（708 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9EVP SV40 LTAg assembly with DNA in presence of AMPPNP and Mg2+. 提交 2024-04-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM TrisHCl (pH 7.5), 1 mM DTT, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl, 3 mM AMP-PMP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
9EXD SV40 LTAg assembly in presence of ATP. 提交 2024-04-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–708（708 aa）链 B 1–708（708 aa）链 C 1–708（708 aa）链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）链 F 1–708（708 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9F3T Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_010). 提交 2024-04-25	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F3U Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_010). 提交 2024-04-26	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F5I Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_005). 提交 2024-04-28	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F73 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_015). 提交 2024-05-03	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F74 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_015). 提交 2024-05-03	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F75 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_019). 提交 2024-05-03	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F7N Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_000). 提交 2024-05-04	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F9O Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_015). 提交 2024-05-08	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F9W Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_019). 提交 2024-05-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9F9X Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_000). 提交 2024-05-09	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FA1 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_010). 提交 2024-05-09	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FA2 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_005). 提交 2024-05-10	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FB0 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_019). 提交 2024-05-10	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FB4 SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ATP. 提交 2024-05-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9FB5 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_000). 提交 2024-05-12	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FB6 SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ATP. 提交 2024-05-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9KAE CryoEM structure of LTag bound to SV40 EP half origin DNA 提交 2024-10-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9KAK CryoEM structure of LTag bound to SV40 AT half origin DNA 提交 2024-10-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 266–627（362 aa）链 B 266–627（362 aa）链 C 266–627（362 aa）链 D 266–627（362 aa）链 E 266–627（362 aa）链 F 266–627（362 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 44 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LT_SV40
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627 作者链 B； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627 作者链 C； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627 作者链 D； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627 作者链 E； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627 作者链 F； PDB构建体 1–362； UniProt 266–627

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f9n
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
结构标题 title	Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_005).
关键词 keywords	AAA+ superfamily Helicase Substrate translocation DNA unwinding, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.38 Å
零角强度 I(0) i0	931174000.00
分子量 molecular_weight	255950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	322460 Å³
包络体积 envelope_volume	438390 Å³
水化壳体积 shell_volume	84634 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.96 Å
包络 Rg envelope_rg	40.08 Å
形状 Rg shape_rg	41.39 Å
总 Rg total_rg	41.77 Å
总原子数 total_atoms	36017
残基数 n_residues	2180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	931400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.890

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Large T antigen
分子量 formula_weight	41812.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	36017

KQVSWKLVTEYAMETKCDDVLLLLGMYLEFQYSFEMCLKCIKKEQPSHYKYHEKHYANAAIFADSKNQKTICQQAVDTVLAKKRVDSLQLTREQMLTNRFNDLLDRMDIMFGSTGSADIEEWMAGVAWLHCLLPKMDSVVYDFLKCMVYNIPKKRYWLFKGPIDSGKTTLAAALLELCGGKALNVNLPLDRLNFELGVAIDQFLVVFEDVKGTGGESRDLPSGQGINNLDNLRDYLDGSVKVNLEKKHLNKRTQIFPPGIVTMNEYSVPKTLQARFVKQIDFRPKDYLKHCLERSEFLLEKRIIQSGIALLLMLIWYRPVAEFAQSIQSRIVEWKERLDKEFSLSVYQKMKFNVAMGIGVLD

来源 Source

来源生物 organism	Betapolyomavirus macacae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1891767
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chains: S
分子量 formula_weight	2388.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S

TTTTTTTT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	201416

fit	/app/data/saxs_computation/f9/9f9n/9f9n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/9f9n/9f9n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/9f9n/9f9n.dat

Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_005).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)