9fw9

Cryo-EM structure of the type 1 pilus assembly platform as part of the FimA-bound chaperone-usher pilus complex (FimDHGFAnC - body 2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane usher protein FimD

Escherichia coli

UniProt P30130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 46–878 未记录 Chaperone protein FimC × 1 (P31697) Type-1 fimbrial protein, A chain × 2 (P04128) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMD_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–833; UniProt 46–878

Chaperone protein FimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 37–241 未记录 Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) Type-1 fimbrial protein, A chain × 2 (P04128) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–206; UniProt 37–241

Type-1 fimbrial protein, A chain

Escherichia coli

UniProt P04128

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–182 链 B; UniProt 24–182 未记录 Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMA1_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–160; UniProt 24–182 作者链 B; PDB构建体 2–160; UniProt 24–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fw9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fw9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fw9
沉积日期 deposition_date2024-06-28
结构标题 titleCryo-EM structure of the type 1 pilus assembly platform as part of the FimA-bound chaperone-usher pilus complex (FimDHGFAnC - body 2)
关键词 keywordschaperone, usher, pilus, rod, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.47
零角强度 I(0) i0262128000.00
分子量 molecular_weight125950.0 kDa
排除体积 excluded_volume155970 ų
包络体积 envelope_volume208390 ų
水化壳体积 shell_volume51361 ų
包络直径 envelope_diameter118.9
壳层 Rg shell_rg40.70
包络 Rg envelope_rg33.30
形状 Rg shape_rg33.45
总 Rg total_rg34.04
总原子数 total_atoms8881
残基数 n_residues1172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.1
Rg (实空间) rg_real34.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real2.6210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal262100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8763
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.3
偏度 Skewness skewness0.367
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37360000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.778

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)