9jy1

delta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 184.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

Homo sapiens

UniProt P20963

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 链 B; UniProt 1–164 链 a; UniProt 1–164 链 b; UniProt 1–164 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3Z_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 B; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 a; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 b; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

Homo sapiens

UniProt P04234

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–171 链 d; UniProt 1–171 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3D_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–171; UniProt 1–171 作者链 d; PDB构建体 1–171; UniProt 1–171

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

Homo sapiens

UniProt P07766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–207 链 F; UniProt 1–207 链 e; UniProt 1–207 链 f; UniProt 1–207 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CD3E_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 F; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 e; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 f; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

Homo sapiens

UniProt P09693

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–182 链 g; UniProt 1–182 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CD3G_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182 作者链 g; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt A0JD36

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–115 链 m; UniProt 1–115 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRDV2_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–115; UniProt 1–115 作者链 m; PDB构建体 1–115; UniProt 1–115

T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt B7Z8K6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–153 链 m; UniProt 1–153 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 2 (P0CF51,Q99603) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TRDC_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 140–292; UniProt 1–153 作者链 m; PDB构建体 140–292; UniProt 1–153

T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt P0CF51

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–173 链 n; UniProt 1–173 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TRGC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 143–315; UniProt 1–173 作者链 n; PDB构建体 143–315; UniProt 1–173

T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt Q99603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–121 链 n; UniProt 1–121 未记录 Fab heavy chain × 2 Fab light chain × 2 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 4 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 2 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 4 (P07766) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 2 (P09693) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 2 (A0JD36,B7Z8K6) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TRGV9_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–121; UniProt 1–121 作者链 n; PDB构建体 1–121; UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jy1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jy1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jy1
沉积日期 deposition_date2024-10-12
结构标题 titledelta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer
关键词 keywordsT cell receptor, gamma delta TCR, immune cell, Fab complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.05
零角强度 I(0) i0669631000.00
分子量 molecular_weight222590.0 kDa
排除体积 excluded_volume281190 ų
包络体积 envelope_volume449410 ų
水化壳体积 shell_volume67688 ų
包络直径 envelope_diameter194.8
壳层 Rg shell_rg55.52
包络 Rg envelope_rg57.03
形状 Rg shape_rg58.02
总 Rg total_rg58.05
总原子数 total_atoms15642
残基数 n_residues1996
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.2
Rg (实空间) rg_real56.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.04
I(0) (实空间) i0_real6.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal668900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8195
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.0
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.605
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40410000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.128

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)