9me7

Antibody fragments from mAb21 and mAb824 bound to the adhesin protein FimH containing alpha-methyl mannose

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 145.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9me7
沉积日期 deposition_date	2024-12-06
结构标题 title	Antibody fragments from mAb21 and mAb824 bound to the adhesin protein FimH containing alpha-methyl mannose
关键词 keywords	Fimbrial tip, Lectin domain, Antibody fragments, Antibody-target complex, CELL ADHESION, CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex; CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.43 Å
零角强度 I(0) i0	163124000.00
分子量 molecular_weight	102180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127050 Å³
包络体积 envelope_volume	183310 Å³
水化壳体积 shell_volume	38404 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.10 Å
包络 Rg envelope_rg	42.85 Å
形状 Rg shape_rg	42.36 Å
总 Rg total_rg	42.70 Å
总原子数 total_atoms	7196
残基数 n_residues	943
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5746
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.543
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.645; Smooth: 0.495

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
分子量 formula_weight	31488.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7196

MKRVITLFAVLLMGWSVNAWSFACKTANGTAIPIGGGSANVYVNLAPVVNVGQNLVVDLSTQIFCHNDYPETITDYVTLQRGSAYGGVLSNFSGTVKYSGSSYPFPTTSETPRVVYNSRTDKPWPVALYLTPVSSAGGVAIKAGSLIAVLILRQTNNYNSDDFQFVWNIYANNDVVVPTGGCDVSARDVTVTLPDYPGSVPIPLTVYCAKSQNLGYYLSGTTADAGNSIFTNTASFSPAQGVGVQLTRNGTIIPANNTVSLGAVGTSAVSLGLTANYARTGGQVTAGNVQSIIGVTFVYQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	mAb824 Heavy Chain Fragment
分子量 formula_weight	22527.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

EIQLQQSGPERMKPGASVKISCKASGYSFTTYYIHWVKQSHGRSLEWIGYIDPFNDDTNYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYMHLSSLTSEDSAVYYCARSYYGSLDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASST

Entity 3 polymer

描述 description	mAb21 Heavy Chain Fragment
分子量 formula_weight	21143.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

EVLLKQSGPEKVKPGASVKIPCKASGYTFTDYNIDWVKQSHGTSLEWIGHLDPNSGGTVYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYLELRSLTSEDTAVYYCARSTMGVYRSDGYYAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSS

Entity 4 polymer

描述 description	mAb824 Light Chain Fragment
分子量 formula_weight	21757.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQGVNNYLNWYQQKPDGSVKLLIYYTSNLHSGAPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQANMVPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEAR

Entity 5 polymer

描述 description	mAb21 Light Chain Fragment
分子量 formula_weight	19737.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QIVLTQSPAIMSASLGEEITLTCSASSSISYMHWYQQKSGTSPKILIYSTSNQASGVPSRFSGSGSGTFYSLTISSVEAEDAADYYCHQWSSYPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTK

Entity 6 non-polymer

描述 description	methyl alpha-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	163363

fit	/app/data/saxs_computation/me/9me7/9me7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/9me7/9me7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/9me7/9me7.dat

Antibody fragments from mAb21 and mAb824 bound to the adhesin protein FimH containing alpha-methyl mannose

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)