9met

CXCR4-HIV-2/gp120-CD4

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 190.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4

Homo sapiens

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–352 链 N; UniProt 1–352 链 O; UniProt 1–352 链 S; UniProt 1–352 未记录 T-cell surface glycoprotein CD4 × 2 (P01730) HIV-1/gp120 × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–352; UniProt 1–352 作者链 N; PDB构建体 1–352; UniProt 1–352 作者链 O; PDB构建体 1–352; UniProt 1–352 作者链 S; PDB构建体 1–352; UniProt 1–352

T-cell surface glycoprotein CD4

Homo sapiens

UniProt P01730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–201 链 R; UniProt 26–201 片段:Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201) C-X-C chemokine receptor type 4 × 4 (P61073) HIV-1/gp120 × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 78 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–176; UniProt 26–201 作者链 R; PDB构建体 1–176; UniProt 26–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9met

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9met
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9met
沉积日期 deposition_date2024-12-08
结构标题 titleCXCR4-HIV-2/gp120-CD4
关键词 keywordscxcr4, HIV-2 gp120, CD4, D1-D2, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.95
零角强度 I(0) i0972248000.00
分子量 molecular_weight270960.0 kDa
排除体积 excluded_volume343300 ų
包络体积 envelope_volume537440 ų
水化壳体积 shell_volume81705 ų
包络直径 envelope_diameter197.6
壳层 Rg shell_rg57.67
包络 Rg envelope_rg53.67
形状 Rg shape_rg54.87
总 Rg total_rg55.31
总原子数 total_atoms19078
残基数 n_residues2370
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax190.6
Rg (实空间) rg_real55.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real9.7220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal972500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary81.7
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.637
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha52160000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.980

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)