9qgj

Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW90

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

Homo sapiens

UniProt P37231

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 235–505 链 B; UniProt 235–505 未记录 A1I6R 4-[5-chloranyl-1-[2-chloranyl-6-(trifluoromethyl)phenyl]carbonyl-indazol-3-yl]-3-[[(3~{S})-1-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]piperidin-3-yl]methoxy]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.9M-1.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M sodium cacodylate 分辨率 2.20 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、500 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPARG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–275; UniProt 235–505 作者链 B; PDB构建体 5–275; UniProt 235–505

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qgj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qgj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qgj
沉积日期 deposition_date2025-03-13
最后修订 last_revision2026-03-25
结构标题 titleHuman PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW90
关键词 keywords;PPAR, PPAR gamma, PPARg, peroxisome proliferator-activated receptor gamma, nuclear receptor, transcription factor, partial agonist, agonist, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.24
零角强度 I(0) i0101426000.00
分子量 molecular_weight54108.0 kDa
排除体积 excluded_volume52956 ų
包络体积 envelope_volume89411 ų
水化壳体积 shell_volume29381 ų
包络直径 envelope_diameter89.2
壳层 Rg shell_rg32.35
包络 Rg envelope_rg25.33
形状 Rg shape_rg25.19
总 Rg total_rg25.90
总原子数 total_atoms4098
残基数 n_residues518
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.9
Rg (实空间) rg_real25.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real1.0140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal101400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8882
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.376
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21270000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.930

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)