SAXSdb — 9qks

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESX secretion system protein YukD

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	ESX secretion system protein YukC × 2 （P71070） ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein × 2 （C0SPA7,P42212）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YUKD_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–81； UniProt 1–79

ESX secretion system protein YukC

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

UniProt P71070

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	ESX secretion system protein YukD × 1 （P71071） ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein × 2 （C0SPA7,P42212）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YUKC_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 D； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

UniProt C0SPA7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	ESX secretion system protein YukD × 1 （P71071） ESX secretion system protein YukC × 2 （P71070）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YUKB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 13–973； UniProt 2–962 作者链 H； PDB构建体 13–973； UniProt 2–962

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	ESX secretion system protein YukD × 1 （P71071） ESX secretion system protein YukC × 2 （P71070）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GFP_AEQVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 995–1218； UniProt 7–230 作者链 H； PDB构建体 995–1218； UniProt 7–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qks
沉积日期 deposition_date	2025-03-20
结构标题 title	B subtilis Type VIIb Core Unit (T7bCU) + DUF
关键词 keywords	T7SS, Type VII Secretion System, T7bCU, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qks__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qks__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.66 Å
Rg（电子密度）	41.11 Å
总 Rg	41.49 Å
原子数	11940
残基数	1441
排除体积	212550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qks__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ESX secretion system protein YukD
分子量 formula_weight	9277.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11940

MGMYIDITIDLKHYNGSVFDLRLSDYHPVKKVIDIAWQAQSVSMPPREGHWIRVVNKDKVFSGECKLSDCGITNGDRLEIL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ESX secretion system protein YukC
分子量 formula_weight	53225.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSGEQKSYLENQLEAVAEKTDAGYTFTFQREKIKLLDGLEANVIKDINPFFHKEIDVTDDEVIITIQPPSSYKAFRFMKAKDKKSKWQFAYQLVQAVQQHNLSRLNLIVAPENIVFDKGLTPYFLHYGVKESIPPYERDEERVWQELKAAAALAVDGAFAFEDYLKFNETLTFSAEAKAILDAESYDDLLELIQTHIDELEAKAKTYIHIPRKKWNIQRYIGLGLIVLLVPALIYSMYALFFAQPKHQAIVDSNRAFLNKQYSEVISTLSKYDAESLPESVQYQLATSYVEVENLGSAKTKNIENNLVTLQSDPQHFLYWIDYGRGEYKEAISIGRKLEYNDYIYFALAKYKQQLLSEDTNDEDIQKELDSVNSELEKAQKERQENKQSNSETSLVDTSEEQTQTDEEKQAEEKAAEEKAAAEEKAKKEEQKEKEDEKKETEKKDEKKDDKDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein
分子量 formula_weight	143109.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MLPFGRKGVRHLSLLWVFYQNNVQKLNLSNLPSSHPVTIGPDVKDSVTISTIPFNSGVISLKRKESGGQYEVFLGNDCLGTIETDISFTLQTDQQDIRLILTGSEPEKSVYFTGNRDEIVCSSEKTNADIYLNPQDFAFAEQSTFSLLRAGGSWSVRPESGTIFLNGEKINANTPLKPGDEIFWNFTQMRVTEQDLLEIVHYAQFETALTETVKPSTEMQKKYPQYRRTPRMVYDLPDDRVSFSFPSQESDQTNRGLWLVILPPLVMLIVMGVVAIIQPRGIFILVSLAMFMMTLITSTVQYFRDKNQRKKREEKRERVYKLYLDNKRKELQALAEKQKQVLEFHFPSFEQMKYLTSEISDRIWEKSLESKDYLQLRLGTGTVPSSYEINMSGGDLANRDIDDLMEKSQHMQRVYKDIRNAPVTVDLAEGPMGLVGKSQIVKNEIHQLIGQLSFFNSYHDLRFVFIFHEEEYKDWEWMKWLPQFQMPHIYAKGFIYNEQTRDQLLSSLYELIRERDLEDDKEKLQFKPHFVFVITNQQLISEHVILEYLEGQHEHLGISTIVAAETKESLSENITTLVRYINEHEGDILIQKKKAVRIPFRLDHHQREDNERFSRTLRTLNHQVGITNSIPETVSFLELFHAKEVKEIGIQQRWLTSESSKSLSVPIGYKGKDDIVYLNLHEKAHGPHGLLAGTTGSGKSEFLQTYILSLAVHFHPHEAAFLLIDYKGGGMAQPFRNIPHLLGTITNIEGSKNFSMRALASIKSELKKRQRLFDQYQVNHINDYTKLYKQGKAEVAMPHLFLISDEFAELKSEEPDFIRELVSAARIGRSLGVHLILATQKPGGIIDDQIWSNSRFKVALKVQDATDSKEILKNSDAANITVTGRGYLQVGNNEVYELFQSAWSGAPYLEEVYGTEDEIAIVTDTGLIPLSEVDTEDNAKKDVQTEIEAVVDEIERIQDEMGIEKLPSPWLPPGAGGLVPRGSGGSGSVDSTESLFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTITFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITGGSGGSGSRGRSGSGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKKG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	303198

B subtilis Type VIIb Core Unit (T7bCU) + DUF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESX secretion system protein YukD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ESX secretion system protein YukC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qks__assembly_1__model_1

9qks__assembly_1__model_1 | I(q)

9qks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

B subtilis Type VIIb Core Unit (T7bCU) + DUF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESX secretion system protein YukD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ESX secretion system protein YukC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qks__assembly_1__model_1

9qks__assembly_1__model_1 | I(q)

9qks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)