9t7v

Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine dioxygenase type 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

RING-box protein 2

Homo sapiens

UniProt Q9UBF6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–109； UniProt 5–113

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NEDD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Cullin-5

Homo sapiens

UniProt Q93034

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CUL5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–780； UniProt 1–780

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2

Homo sapiens

UniProt O95376

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） Elongin-B × 1 （Q15370） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Leucine-rich repeat-containing protein 58 × 1 （Q96CX6） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Leucine-rich repeat-containing protein 58

Homo sapiens

UniProt Q96CX6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Cysteine dioxygenase type 1 × 1 （Q16878） RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Ubiquitin × 1 （P0CG48） Elongin-C × 1 （Q15369） NEDD8 × 1 （Q15843） Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） Elongin-B × 1 （Q15370） FE (III) ION × 1 5-azanylpentan-2-one × 1 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRC58_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9t7v
沉积日期 deposition_date	2025-11-12
结构标题 title	Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub
关键词 keywords	Cullin, E3 ligase, Ubiquitin, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9t7v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9t7v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9t7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.06 Å
Rg（电子密度）	58.48 Å
总 Rg	58.33 Å
原子数	15047
残基数	1893
排除体积	268180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9t7v__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine dioxygenase type 1
分子量 formula_weight	22867.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.20
突变 mutation	K8C, C76A, C93S, C130A, C164S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15047

MEQTEVLCPRTLADLIRILHQLFAGDEVNVEEVQAIMEAYESDPTEWAMYAKFDQYRYTRNLVDQGNGKFNLMILAWGEGHGSSIHDHTNSHSFLKMLQGNLKETLFAWPDKKSNEMVKKSERVLRENQAAYINDSVGLHRVENISHTEPAVSLHLYSPPFDTSHAFDQRTGHKNKVTMTFHSKFGIRTPNATSGSLENN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RING-box protein 2
分子量 formula_weight	12280.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
突变 mutation	N-terminal residues 1-4 deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

EDGEETCALASHSGSSGSKSGGDKMFSLKKWNAVAMWSWDVECDTCAICRVQVMDACLRCQAENKQEDCVVVWGECNHSFHNCCMSLWVKQNNRCPLCQQDWVVQRIGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	12485.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MDGEEKTYGGCEGPDAMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NEDD8
分子量 formula_weight	8574.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cullin-5
分子量 formula_weight	91085.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAKIHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMGKQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2
分子量 formula_weight	57735.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
突变 mutation	L381A,E382A,E455A,
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSVDMNSQGSDSNEEDYDPNCEEEEEEEEDDPGDIEDYYVGVASDVEQQGADAFDPEEYQFTCLTYKESEGALNEHMTSLASVLKVSHSVAKLILVNFHWQVSEILDRYKSNSAQLLVEARVQPNPSKHVPTSHPPHHCAVCMQFVRKENLLSLACQHQFCRSCWEQHCSVLVKDGVGVGVSCMAQDCPLRTPEDFVFPLLPNEELREKYRRYLFRDYVESHYQLQLCPGADCPMVIRVQEPRARRVQCNRCNEVFCFKCRQMYHAPTDCATIRKWLTKCADDSETANYISAHTKDCPKCNICIEKNGGCNHMQCSKCKHDFCWMCLGDWKTHGSEYYECSRYKENPDIVNQSQQAQAREALKKYLFYFERWENHNKSLQAAAQTYQRIHEKIQERVMNNLGTWIDWQYLQNAAKLLAKCRYTLQYTYPYAYYMESGPRKKLFEYQQAQLEAEIANLSWKVERADSYDRGDLENQMHIAEQRRRTLLKDFHDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat-containing protein 58
分子量 formula_weight	40626.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQSESDSEDEASVAARRMQKVLLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	5-azanylpentan-2-one
分子量 formula_weight	101.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	847022

Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine dioxygenase type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RING-box protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cullin-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Leucine-rich repeat-containing protein 58

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9t7v__assembly_1__model_1

9t7v__assembly_1__model_1 | I(q)

9t7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment