9v2w

Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SIN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1096； UniProt 225–1320

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118 作者链 M； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118 作者链 O； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118 作者链 S； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118

Histone deacetylase RPD3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P32561

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–378； UniProt 9–386

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A8J1LZU9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8J1LZU9_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–93； UniProt 32–124 作者链 N； PDB构建体 1–93； UniProt 32–124 作者链 P； PDB构建体 1–93； UniProt 32–124 作者链 T； PDB构建体 1–93； UniProt 32–124

Transcriptional regulatory protein DEP1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P31385

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DEP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–119； UniProt 177–295

Transcriptional regulatory protein SDS3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40505

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SDS3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–311； UniProt 14–324

Transcriptional regulatory protein SAP30

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P38429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SAP30_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–119； UniProt 73–191

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135 作者链 Q； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135 作者链 U； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135 作者链 W； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135

Transcriptional regulatory protein PHO23

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P50947

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PHO23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–105； UniProt 11–115

Transcriptional regulatory protein RXT2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P38255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RXT2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–206； UniProt 169–374

Histone deacetylase complex subunit CTI6

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q08923

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone H4 × 4 （P62799） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CTI6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–249； UniProt 243–491

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone H2A × 4 （Q6AZJ8） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Histone H2B × 4 （A0A8J1LZU9） Transcriptional regulatory protein DEP1 × 1 （P31385） Transcriptional regulatory protein SDS3 × 1 （P40505） Transcriptional regulatory protein SAP30 × 1 （P38429） Histone H3 × 4 （A0A310TTQ1） Transcriptional regulatory protein PHO23 × 1 （P50947） Transcriptional regulatory protein RXT2 × 1 （P38255） Histone deacetylase complex subunit CTI6 × 1 （Q08923） DNA (329-MER) × 1 DNA (329-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–79； UniProt 23–101 作者链 R； PDB构建体 1–79； UniProt 23–101 作者链 V； PDB构建体 1–79； UniProt 23–101 作者链 Z； PDB构建体 1–79； UniProt 23–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v2w
沉积日期 deposition_date	2025-05-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome
关键词 keywords	Histone deacetylase complex, Histone modification, Rpd3L, Cryo-EM, di-nucleosome, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v2w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v2w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v2w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	71.22 Å
Rg（电子密度）	69.48 Å
总 Rg	69.85 Å
原子数	39938
残基数	3911
排除体积	668540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v2w__assembly_1__model_1`	26-meric （26）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein SIN3
分子量 formula_weight	126786.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	39938

LSYLEQVKFQFSSRPDIYNLFLDIMKDFKSQAIDTPGVIERVSTLFRGYPILIQGFNTFLPQGYRIECSSNPDDPIRVTTPMGTTTVNNNISPSGRGTTDAQELGSFPESDGNGVQQPSNVPMVPSSVYQSEQNQDQQQSLPLLATSSGLPSIQQPEMPAHRQIPQSQSLVPQEDAKKNVDVEFSQAISYVNKIKTRFADQPDIYKHFLEILQTYQREQKPINEVYAQVTHLFQNAPDLLEDFKKFLPDSSASANQQVQHAQQHAQQQHEAQMHAQAQAQAQAQAQVEQQKQQQQFLYPASGYYGHPSNRGIPQQNLPPIGSFSPPTNGSTVHEAYQDQQHMQPPHFMPLPSIVQHGPNMVHQGIANENPPLSDLRTSLTEQYAPSSIQHQQQHPQSISPIANTQYGDIPVRPEIDLDPSIVPVVPEPTEPIENNISLNEEVTFFEKAKRYIGNKHLYTEFLKILNLYSQDILDLDDLVEKVDFYLGSNKELFTWFKNFVGYQEKTKCIENIVHEKHRLDLDLCEAFGPSYKRLPKSDTFMPCSGRDDMCWEVLNDEWVGHPVWASEDSGFIAHRKNQYEETLFKIEEERHEYDFYIESNLRTIQCLETIVNKIENMTENEKANFKLPPGLGHTSMTIYKKVIRKVYDKERGFEIIDALHEHPAVTAPVVLKRLKQKDEEWRRAQREWNKVWRELEQKVFFKSLDHLGLTFKQADKKLLTTKQLISEISSIKVDQTNKKIHWLTPKPKSQLDFDFPDKNIFYDILCLADTFITHTTAYSNPDKERLKDLLKYFISLFFSISFEKIEESLYSHKQNVSESSGSDDGSSIASRKRPYQQEMSLLDILHRSRYQKLKRSNDEDGKVPQLSEPPEEEPNTIEEEELIDEEAKNPWLTGNLVEEANSQGIIQNRSIFNLFANTNIYIFFRHWTTIYERLLEIKQMNERVTKEINTRSTVTFAKDLDLLSSQLSEMGLDFVGEDAYKQVLRLSRRLINGDLEHQWFEESLRQAYNNKAFKLYTIDKVTQSLVKHAHTLMTDAKTAEIMALFVKDRNASTTSAKDQIIYRLQVRSHMSNTENMFRIEFDKRTLHVSIQYIALD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	11722.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,M,O,S

RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLP

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone deacetylase RPD3
分子量 formula_weight	42747.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTDEYIDFLSRVTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGFCYLNDIVLGIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRDGIDDATYRSVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVARTWCFETGLLNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	10407.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,N,P,T

KTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein DEP1
分子量 formula_weight	14553.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

EQRMTALKEITDIEYKFAQLRQKLYDNQLVRLQTELQMCLEGSHPELQVYYSKIAAIRDYKLHRAYQRQKYELSCINTETIATRTFIHQDFHKKVTDLRARLLNRTTQTWYDINKERRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein SDS3
分子量 formula_weight	35851.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

KDKRRFNIESKVNKIYQNFYSERDNQYKDRLTALQTDLTSLHQGDNGQYARQVRDLEEERDLELVRLRLFEEYRVSRSGIEFQEDIEKAKAEHEKLIKLCKERLYSSIEQKIKKLQEERLLMDVANVHSYAMNYSRPQYQKNTRSHTVSGWDSSSNEYGRDTANESATDTGAGNDRRTLRRRNASKDTRGNNNNQDESDFQTGNGSGSNGHGSRQGSQFPHFNNLTYKSGMNSDSDFLQGINEGTDLYAFLFGEKNPKDNANGNEKKKNRGAQRYSTKTAPPLQSLKPDEVTEDISLIRELTGQPPAPFRL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein SAP30
分子量 formula_weight	14210.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

TAAQQQYIKNLIETHITDNHPDLRPKSHPMDFEEYTDAFLRRYKDHFQLDVPDNLTLQGYLLGSKLGAKTYSYKRNTQGQHDKRIHKRDLANVVRRHFDEHSIKETDCIPQFIYKVKNQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	11560.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,Q,U,W

KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein PHO23
分子量 formula_weight	12360.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

LNDITDVLEEFPLATSRYLTLLHEIDAKCVHSMPNLNERIDKFLKKDFNKDHQTQVRLLNNINKIYEELMPSLEEKMHVSSIMLDNLDRLTSRLELAYEVAIKNT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein RXT2
分子量 formula_weight	23359.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

ILSLGDIINHKTISRTFSSPILKNLALQIILMIEKEQMSVVRYSQFLEVFLGDHPEPIYESNLNLPSYNHNLTLPEDRGASDEDDINNKNNINEVNSNSLSTEAGHINNGMEEFGEEDPFFALPRLEQSNALLSLLPSSSGSASISTLTAAEQQQLNEEIESARQLSQIALQRNKEFIRNLQKIRKSVIKANRIRGRILNWSREYL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Histone deacetylase complex subunit CTI6
分子量 formula_weight	28742.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

TFMAREEKQYQRMLEKALKESRRTSHQEDPESYENDADIYQGDTDNHNGTTRLQTDVMLTEGKPDSVTNDDMKESLRPSKEQSMEKTNDVEKEASQEKESSTGSAQDTEKTDEPILPLTSISSSEDDSRKASSRGSKRVSKPARKGNRTRRSNTSSDTNQNRRSADIGTDKPVKPRLPPQRTSLNEMRRRVSAILEFISRTQWELSEDQSDREEFVRFVENQHFVEKVDTIYNGYNESLSMMDDLTREL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9066.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,R,V,Z

LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGF

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA (329-MER)
分子量 formula_weight	102177.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

GACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGAAGACCACCATGGAATTCATGGCGGAAGCATGACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	DNA (329-MER)
分子量 formula_weight	101038.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

TCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTCATGCTTCCGCCATGAATTCCATGGTGGTCTTCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	205066

Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone deacetylase RPD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein DEP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein SDS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein SAP30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein PHO23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein RXT2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体