9w2m

Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inactive protein-arginine deiminase type-6

物种未注明

UniProt Q8K3V4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PADI6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 11; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 12; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 13; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 14; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 15; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 16; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 17; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 18; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 19; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 2; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 3; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 4; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 5; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 6; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 7; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 8; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 9; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 Z; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682 作者链 z; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682

Oocyte-expressed protein homolog

物种未注明

UniProt Q9CWE6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 OOEP_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–125; UniProt 21–145 作者链 H; PDB构建体 1–125; UniProt 21–145 作者链 c; PDB构建体 1–125; UniProt 21–145 作者链 h; PDB构建体 1–125; UniProt 21–145

KH domain-containing protein 3

物种未注明

UniProt Q9CWU5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 KHDC3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–128; UniProt 1–128 作者链 d; PDB构建体 1–128; UniProt 1–128

NLR family, pyrin domain containing 4F

物种未注明

UniProt L7N1W9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 L7N1W9_MOUSE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–933; UniProt 5–937 作者链 I; PDB构建体 1–933; UniProt 5–937 作者链 e; PDB构建体 1–933; UniProt 5–937 作者链 i; PDB构建体 1–933; UniProt 5–937

S-phase kinase-associated protein 1

物种未注明

UniProt Q9WTX5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 SKP1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–163; UniProt 1–163 作者链 k; PDB构建体 1–163; UniProt 1–163

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

物种未注明

UniProt P61079

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 UB2D3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–147; UniProt 1–147 作者链 o; PDB构建体 1–147; UniProt 1–147

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

物种未注明

UniProt Q8VDF2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 UHRF1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782 作者链 Q; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782 作者链 p; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782 作者链 q; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782

Zinc finger BED domain-containing protein 3

物种未注明

UniProt Q9D0L1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 ZBED3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–55; UniProt 34–88 作者链 r; PDB构建体 1–55; UniProt 34–88

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

物种未注明

UniProt Q6B966

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 NAL14_MOUSE
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–966; UniProt 28–993 作者链 n; PDB构建体 1–966; UniProt 28–993

Tubulin beta-2A chain

物种未注明

UniProt Q7TMM9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TBB2A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 l; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q9CWF2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TBB2B_MOUSE
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 m; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

物种未注明

UniProt Q9R1M5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Transducin-like enhancer protein 6 × 4 (Q9WVB3) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 NALP5_MOUSE
Isoform Q9R1M5-4
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–963; UniProt 97–1059 作者链 F; PDB构建体 1–963; UniProt 97–1059 作者链 a; PDB构建体 1–963; UniProt 97–1059 作者链 f; PDB构建体 1–963; UniProt 97–1059

Transducin-like enhancer protein 6

物种未注明

UniProt Q9WVB3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 56 Inactive protein-arginine deiminase type-6 × 20 (Q8K3V4) Oocyte-expressed protein homolog × 4 (Q9CWE6) KH domain-containing protein 3 × 2 (Q9CWU5) NLR family, pyrin domain containing 4F × 4 (L7N1W9) FBXW24 × 2 S-phase kinase-associated protein 1 × 2 (Q9WTX5) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 2 (P61079) E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 × 4 (Q8VDF2) Zinc finger BED domain-containing protein 3 × 2 (Q9D0L1) NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 2 (Q6B966) Tubulin beta-2A chain × 2 (Q7TMM9) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q9CWF2) Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 × 4 (Q9R1M5) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 与蛋白数一致

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UniProt名称 TLE6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–436; UniProt 146–581 作者链 G; PDB构建体 1–436; UniProt 146–581 作者链 b; PDB构建体 1–436; UniProt 146–581 作者链 g; PDB构建体 1–436; UniProt 146–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9w2m
沉积日期 deposition_date2025-07-28
结构标题 titleCryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte
关键词 keywordsCytoplasmic lattice, Maternal complex, Cryo-EM structure, Protein assembly, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9w2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9w2m__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9w2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)0.00 Å
Rg(电子密度)138.10 Å
总 Rg138.10 Å
原子数234055
残基数29468
排除体积4193100 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9w2m__assembly_1__model_1 56-meric (56) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

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7. 引用文献 (1)