9z2h

Crystal structure of A10 Fab in complex with the EGFR peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

物种未注明

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 310–327 未记录 Fab heavy chain of the A10 antibody × 1 Fab light chain of the A10 antibody × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;0.8M NaH2PO4, 1.2M KH2PO4, 0.1M Na Acetate, pH 4.5 分辨率 2.45 Å R-free 0.223
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 310–327 未记录 Fab heavy chain of the A10 antibody × 1 Fab light chain of the A10 antibody × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;0.8M NaH2PO4, 1.2M KH2PO4, 0.1M Na Acetate, pH 4.5 分辨率 2.45 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–18; UniProt 310–327 作者链 E; PDB构建体 1–18; UniProt 310–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9z2h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9z2h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9z2h
沉积日期 deposition_date2025-11-05
最后修订 last_revision2026-04-08
结构标题 titleCrystal structure of A10 Fab in complex with the EGFR peptide
关键词 keywordsEGFRvIII, epidermal growth factor receptor variant III, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.70
零角强度 I(0) i0152648000.00
分子量 molecular_weight96872.0 kDa
排除体积 excluded_volume120980 ų
包络体积 envelope_volume156430 ų
水化壳体积 shell_volume43095 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg37.80
包络 Rg envelope_rg29.19
形状 Rg shape_rg29.68
总 Rg total_rg30.55
总原子数 total_atoms13499
残基数 n_residues900
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.8
Rg (实空间) rg_real30.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real1.5260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal152700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.9
偏度 Skewness skewness0.043
峰度 Kurtosis kurtosis-0.538
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18340000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.959

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)