当前蛋白身份:A0A024B7W1 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 600 PDB 声明:600-meric(600) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:50-meric(50) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 600 PDB 声明:600-meric(600) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 540 PDB 声明:540-meric(540) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:54-meric(54) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 540 PDB 声明:540-meric(540) 与蛋白数一致
链 A 291–693(403 aa)
链 B 291–693(403 aa)
链 C 291–693(403 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 E 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5IY3 Zika Virus Non-structural Protein NS1 提交 2016-03-23 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 966–1146(181 aa) 片段:UNP residues 966-1146
链 B 966–1146(181 aa) 片段:UNP residues 966-1146
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.09 M NPS mix[NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4], 0.1 M buffer mix (Imidazole, Sodium Cacodylate, MES; Bis-Tris) pH 6.5, 37.5% MPD_P1K_P3350 mix(MPD, PEG 1000, PEG 3350)
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5JMT Crystal structure of Zika virus NS3 helicase 提交 2016-04-29 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 1674–2119(446 aa) 片段:UNP residues 1674-2119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH;pH 5.2;291 K;0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 22%(w/v) polyethylene glycol 1000
分辨率 1.80 Å R-free 0.200
5KVD Zika specific antibody, ZV-2, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 E 589–697(109 aa) 片段:UNP residues 589-697
未记录 NA SODIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M MES pH6.5, 0.6 M NaCl and 20.6% PEG 4000
分辨率 1.65 Å R-free 0.221
5KVF Zika specific antibody, ZV-64, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 E 589–697(109 aa) 片段:UNP residues 589-697
未记录 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M sodium acetate and 22% PEG4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.186
5KVG Zika specific antibody, ZV-67, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 E 589–697(109 aa) 片段:UNP residues 589-697
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.2 M Ammonium formate, 20% PEG 3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 Assembly 2 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 Assembly 3 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 Assembly 4 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 Assembly 5 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6JFH The asymmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 600 PDB 声明:600-meric(600) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:50-meric(50) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 B 216–290(75 aa)
链 D 216–290(75 aa)
链 F 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6LD1 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 2790–3411(622 aa)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;293 K;10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.218
6LD2 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 2790–3411(622 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 KY3 (1S,2S,4S,5R)-2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;293 K;10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH7.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.227
6LD3 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 2790–3411(622 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 FB2 benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;293 K;10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
6LD4 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 2790–3411(622 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 G8F 3-methoxybenzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;293 K;10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.224
6LD5 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 2790–3411(622 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 G8L quinoline-8-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;293 K;10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.4
分辨率 1.94 Å R-free 0.226
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
链 M 6–122(117 aa)
链 N 6–122(117 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
链 M 6–122(117 aa)
链 N 6–122(117 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
链 M 6–122(117 aa)
链 N 6–122(117 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
链 M 6–122(117 aa)
链 N 6–122(117 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
链 M 6–122(117 aa)
链 N 6–122(117 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 480 PDB 声明:480-meric(480) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 Assembly 2 其他组合 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 Assembly 3 其他组合 异源复合物;蛋白 × 40 PDB 声明:40-meric(40) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 Assembly 4 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:48-meric(48) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 Assembly 5 其他组合 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 B 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 C 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 D 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
链 E 291–794(504 aa) 片段:UNP residues 291-794
链 F 216–290(75 aa) 片段:UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6NIP Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ1 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 E 291–695(405 aa)
链 Z 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;291 K;0.06 M MgCl2, 0.1M Imidazole MES monohydrate (pH 6.5), 20% Ethylene glycol and 10% PEG 8,000
分辨率 4.16 Å R-free 0.237
6NIU Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ4 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 E 291–695(405 aa)
链 Z 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.5;291 K;1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES/NaOH (pH 9.5) and 0.2 M sodium chloride
分辨率 4.30 Å R-free 0.359
6NIU Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ4 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 291–695(405 aa)
链 B 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.5;291 K;1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES/NaOH (pH 9.5) and 0.2 M sodium chloride
分辨率 4.30 Å R-free 0.359
7BSD Complex structure of 1G5.3 Fab bound to ZIKV NS1c 提交 2020-03-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 966–1146(181 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;14% v/vPoly(acrylic acid-co-maleic acid) solution
分辨率 2.53 Å R-free 0.239
7BSD Complex structure of 1G5.3 Fab bound to ZIKV NS1c 提交 2020-03-30 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 I 966–1146(181 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;14% v/vPoly(acrylic acid-co-maleic acid) solution
分辨率 2.53 Å R-free 0.239
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 600 PDB 声明:600-meric(600) 与蛋白数一致
链 K 291–791(501 aa)
链 N 291–791(501 aa)
链 Q 291–791(501 aa)
链 T 216–290(75 aa)
链 U 216–290(75 aa)
链 V 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 Assembly 2 其他组合 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 K 291–791(501 aa)
链 N 291–791(501 aa)
链 Q 291–791(501 aa)
链 T 216–290(75 aa)
链 U 216–290(75 aa)
链 V 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 Assembly 3 其他组合 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:50-meric(50) 与蛋白数一致
链 K 291–791(501 aa)
链 N 291–791(501 aa)
链 Q 291–791(501 aa)
链 T 216–290(75 aa)
链 U 216–290(75 aa)
链 V 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 Assembly 4 其他组合 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 K 291–791(501 aa)
链 N 291–791(501 aa)
链 Q 291–791(501 aa)
链 T 216–290(75 aa)
链 U 216–290(75 aa)
链 V 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 Assembly 5 其他组合 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 K 291–791(501 aa)
链 N 291–791(501 aa)
链 Q 291–791(501 aa)
链 T 216–290(75 aa)
链 U 216–290(75 aa)
链 V 216–290(75 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 720 PDB 声明:720-meric(720) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 72 PDB 声明:72-meric(72) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
8EE5 Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-06 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 Z 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.06M Nitrate Phosphate Sulfate , 0.1M Sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% Ethylene glycol, 10 % PEG 8000 + 2% w/v Benzamidine hydrochloride
分辨率 3.58 Å R-free 0.296
8EE8 Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-06 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 291–695(405 aa)
链 B 291–695(405 aa)
链 E 291–695(405 aa)
链 Z 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;12% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M Tris (pH 8.5)
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
8EED Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ107-B in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-07 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 291–695(405 aa)
链 B 291–695(405 aa)
链 C 291–695(405 aa)
链 D 291–695(405 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;15% PEG 6000, 5% MPD, 0.1 M MES (pH 6.5)
分辨率 3.49 Å R-free 0.331
8EEE Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-d in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-07 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 E 291–695(405 aa)
链 Z 291–695(405 aa)
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;12% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5)
分辨率 2.82 Å R-free 0.275
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 480 PDB 声明:480-meric(480) 与蛋白数一致
链 A 292–794(503 aa)
链 B 292–794(503 aa)
链 C 292–794(503 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 292–794(503 aa)
链 B 292–794(503 aa)
链 C 292–794(503 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 40 PDB 声明:40-meric(40) 与蛋白数一致
链 A 292–794(503 aa)
链 B 292–794(503 aa)
链 C 292–794(503 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:48-meric(48) 与蛋白数一致
链 A 292–794(503 aa)
链 B 292–794(503 aa)
链 C 292–794(503 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 292–794(503 aa)
链 B 292–794(503 aa)
链 C 292–794(503 aa)
链 D 128–290(163 aa)
链 E 128–290(163 aa)
链 F 128–290(163 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 420 PDB 声明:420-meric(420) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 42 PDB 声明:42-meric(42) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 A 291–794(504 aa)
链 B 291–794(504 aa)
链 C 291–794(504 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9OD2 Cryo-EM structure of modified Zika virus E protein dimer complexed with a neutralizing antibody SMZAb2 Fab 提交 2025-04-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 A 290–695(406 aa)
链 B 290–695(406 aa)
突变:G5C, G102C 突变:G5C, G102C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.09 Å
9XYB Crystal structure of a ZIKV E glycoprotein DI-DIII vaccine candidate in complex with human neutralizing antibody MZ4 提交 2025-08-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 E 291–342(52 aa)
链 E 425–486(62 aa)
链 E 576–695(120 aa)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;40% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 15% (v/v) ethanol
分辨率 2.85 Å R-free 0.316