当前蛋白身份：P13010
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
0–564（565 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
0–564（565 aa）
片段：residues 1-565
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.280 |
| 1Q2Z The 3D solution structure of the C-terminal region of Ku86 提交 2003-07-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
591–708（118 aa）
片段：Ku86CTR (591-709)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM U-13C,15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3; 5% n-octyl-penta(ethylene glycol):octanol 0.96:1 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RW2 Three-dimensional structure of Ku80 CTD 提交 2003-12-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
565–709（145 aa）
片段：Ku80 C-terminal Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM phosphate buffer；压力 1
NMR样品组成
Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 100% D2O
NMR样品组成
Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
Approximately 1 mM N-15 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, an | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3RZ9 Mouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex 提交 2011-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
559–571（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.218 |
| 5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
6–541（536 aa）
片段：UNP residues 6-541
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–555（554 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 D
2–555（554 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 F
2–555（554 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 H
2–555（554 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–555（554 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.244 |
| 6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–555（554 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.244 |
| 6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–555（554 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.252 |
| 6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 D
2–555（554 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.252 |
| 6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
541–732（192 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
链 H
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.24 Å |
| 7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
541–732（192 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.335 |
| 7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
541–732（192 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.335 |
| 7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 K
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.40 Å |
| 7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 K
1–732（732 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
链 H
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.14 Å |
| 7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.29 Å |
| 7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.271 |
| 7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–555（554 aa）
链 F
2–555（554 aa）
链 L
2–555（554 aa）
链 P
2–555（554 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.298 |
| 8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–732（732 aa）
链 j
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.51 Å |
| 8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.33 Å |
| 8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
链 H
1–732（732 aa）
链 U
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.76 Å |
| 8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 K
1–732（732 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.39 Å |
| 8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 K
1–732（732 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.63 Å |
| 9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
5–536（532 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
6–545（540 aa）
链 N
6–545（540 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.56 Å |
| 9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–732（732 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–732（732 aa）
链 b
1–732（732 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
链 N
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
链 N
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.37 Å |
| 9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
链 N
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.38 Å |
| 9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–732（732 aa）
链 N
1–732（732 aa）
链 l
1–732（732 aa）
链 n
1–732（732 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |